一是做足審前調查。審計項目實施前，要適時到被審計單位了解專項資金項目的規模、資金籌集等情況，掌握專項資金來源、管理和使用的第一手資料。

　　二是調閱各種資料。以專項資金的流向為主藤，順藤摸瓜，標明、標細資金流向圖，查看專項資金的來源、撥付、使用情況，有無侵占、截留、挪用等問題的發生，要求配套的資金是否按規定及時足額到位，是否按工程進度撥款，資金管理部門和使用單位是否按規定管理和使用資金。

　　三是審查項目建設計劃執行情況。主要審查工程是否符合基本建設程序，是否實行招投標，建設項目是否按進度進行，規劃與設計是否符合國家建設標準，工程項目是否實行了監理制，設計、施工、監理單位是否具有國家規定的資質。招投標等手續是否完善，有無違反規定先開工建設后辦手續等問題；對項目要進行跟蹤審計，并到施工現場核實項目建設有無隨意擴大規模，項目的進度與項目資金撥付是否相吻合，其他如提高標注和計劃外投資等情況。

　　四是審查工程預、決算的合理性和真實性。主要審查預算定額的測算是否正確，有無高套定額、虛增造價、高估冒算、虛列支出和搞計劃外工程的現象；審查竣工決算編制的“三性”即真實性、合規性、合法性，有無虛報工程量擠占工程成本、提高造價、套取資金的問題。