一是專項資金審計與同級財政審計相結合。重點審計上級撥入、本級政府年初預算安排的專項基金是否及時足額到位，是否撥入財政專戶進行管理并及時分配下撥，核查有無不按政策規定分配、超范圍撥付、滯留未撥、虛列支出、擠占挪用、截留轉移或用于平衡財政預算等問題。二是專項資金審計與審計調查相結合。專項資金涉及部門多，覆蓋面廣，使用分散，可對專款實施抽樣審計。這樣有利于擴大審計覆蓋面，提高審計質量與效益，既可查出資金管理中存在的問題，又能考核資金使用的整體效益。三是專項資金審計與財務收支審計相結合。目前，有些單位的專款沒有建立專帳，而是與單位經費放在一起核算，只有將專項資金審計與財務收支審計有機結合，才能分清專款來源與經費來源、專項支出與經費支出，確認經費與專款是否存在打通使用的現象，確認經費是否擠占了專款。四是專項資金審計與經濟責任審計相結合。有利于加強對領導干部權力的制約和監督，增強其專款管理的責任意識。