近年來，重慶市萬州區審計局在擴展投資審計量和審計面的同時，采取強力措施深化審計質量，到目前為止，尚未發生一起投資審計行政復議或行政訴訟。

　　一是堅持國家審計基本制度。凡是審計部門立項審計的投資項目，由審計機關統一審前調查、方案制定、通知下發、審計進點、意見交換、報告形成。

　　二是堅持財政統一經費制度。從2010年起，由重慶萬州區財政籌集投資審計經費，納入萬州區審計局預算管理，專項用于投資審計外聘機構的審計支出。

　　三是堅持重大事項集體決策制度。投資審計業務科室定期或不定期通過審中研討會的形式，集體研究決策投資審計中造價分歧問題，重大問題及時報分管領導。

　　四是堅持不確定性問題咨詢制度。對涉及工程造價審計中爭議和不確定性問題采取書面方式咨詢重慶市、萬州區定額管理專業部門。同時，一些問題還積極咨詢招標管理部門、法律顧問、法官的意見，借助專業部門的檢測結果。

　　五是堅持四級復核審理制度。實行審計組長、科室負責人、法制科、分管領導復核，在法制科設置專業人員實行審理制，參與審前調查、現場勘查、意見交換、造價審理等，實現投資審計的全過程質量控制。

　　六是堅持科學選擇中介機構制度。采取回避制原則選擇中介機構時，即凡是承擔過該工程項目的招標代理、概算編制、過程控制、結算審核的中介機構不再委托其審計任務；對5000萬元以上的工程審計在入圍庫中進行招標選擇。

　　七是堅持投資審計人員培訓制度。派送審計人員參加各級組織的工程投資審計培訓。配齊投資審計必須的現場檢測工具和各類定額用書、工程計算軟件。

　　八是制定工程造價審計質量控制制度。2010年出臺《萬州區審計局工程造價審計質量控制細則（試行）》，制定了操作性較強的控制流程圖和相應的控制表格。