隨著新疆經(jīng)濟社會的不斷發(fā)展，尤其是為貫徹中央新疆經(jīng)濟工作座談會提出的新疆經(jīng)濟跨越式發(fā)展和長治久安的戰(zhàn)略目標，各單位、各部門逐步加強了內(nèi)部審計工作，對規(guī)范管理、提高效益、維護財政經(jīng)濟秩序、加強廉政建設(shè)、促進改革開放和經(jīng)濟健康發(fā)展發(fā)揮了重要作用。截至2009年底，全疆從市內(nèi)部審計工作的專（兼）職審計人員隊伍已成為加強各單位內(nèi)部監(jiān)督，規(guī)范內(nèi)部管理的一支重要力量。

    為加強對內(nèi)部審計工作的管理，理順內(nèi)部審計管理機制，審計廳黨組為貫徹《中華人民共和國審計法》和《中華人民共和國審計法實施條例》，結(jié)合新疆內(nèi)部審計工作發(fā)展需求，向新疆維吾爾自治區(qū)“三定”評估檢查組提出增設(shè)內(nèi)部審計管理處的建議，并專題上報了增設(shè)機構(gòu)的請示，得到了自治區(qū)領(lǐng)導(dǎo)和相關(guān)部門的高度重視和大力支持。在增加編制十分困難的情況下，于2010年12月3日，由新疆維吾爾自治區(qū)機構(gòu)編制委員會正式下文同意審計廳增設(shè)內(nèi)部審計管理處，并明確了主要職責，進一步加強了審計機關(guān)對內(nèi)審機構(gòu)的指導(dǎo)、監(jiān)督、管理和服務(wù)力度，充分發(fā)揮內(nèi)部審計“免疫系統(tǒng)”功能的作用。