近年來，內蒙古河套灌區管理總局逐步建立了與水利事業發展相適應的內審監督運行機制。

　　一是建立健全了符合全市水利系統實際的內審制度。先后制定了《內審工作制度》、《內部審計實施辦法》、《關于違反財政法規處罰的暫行規定》等規章制度。對審計項目的程序、范圍、內容、目的和方法等作出了具體的規定，為審計項目實施提供了制度保障。

　　二是完善了內審工作管理制度和審計質量控制制度。

　　1、是進一步健全和完善了內審工作崗位責任制，使審計人員職責分明，結合專業分工和審計人員特長，在全局范圍內統籌調配內審人員，保證了審計工作的高效運作。

　　2、是強化了審計質量控制，所有項目均實行審計復核制度，有效地保證了審計質量，減少了審計風險。

　　3、是貫徹落實內部審計準則，進一步規范了審計工作程序，統一審計文書格式和要求，有針對性地解決了審計實務操作中存在的問題。