2010年，閩侯縣審計局在“新農合”基金審計中反映了兩個較突出的問題。

　　一是參合基金收繳方面存在未嚴格劃分征繳主體權限及基金繳費期限問題。審計發現在年度鄉鎮參合登記工作結束后，新農合管理中心還有直接收繳個人參合基金的現象，即在管支的同時也管收。據統計，2009年1-7月由該縣新農合管理中心直接收繳當年度的保費收入10920元。不符合“個人參合基金由鄉鎮負責收繳，財政設立新農合基金專戶儲存管理，新農合理算中心執行補償審核，管理中心審核支付，實現基金收、管、支分離”的有關新農合醫療基金管理規定。基金征繳權限、參保繳費期限不分及參保隨意性，極易導致參保人員無病不保，有病再保現象的發生。

　　二是新農合參合登記環節存在漏登、錯登現象較為嚴重。如截止2009年12月底，全縣參保繳費人數為518429人，但實際上報人數為518165人，少報264人。抽查兩個鄉鎮，對參合人員信息更改情況進行統計，發現已開發票而系統未予錄入的參合信息131例，信息登記錄入錯誤有389人。信息漏登、錯登造成參合人員就醫時不能得到及時補償，無法實現即時結算，給參合群眾帶來很多不便。其主要原因是參合繳費登記時間短，參保費每年11月上旬才開始收繳，12月中旬鄉鎮要完成參合繳費、登記及錄入等工作，時間倉促，且鄉鎮、村居參合登記經費未能有效保障。

　　針對上述情況，審計建議相關部門一方面要進一步加強新農合基金征繳權限及繳費期限管理，切實做到鄉鎮收繳、財政專戶管理、衛生管事（理算中心執行補償審核，管理中心審核支付），實現基金收、管、支分離，以確保新農合基金安全使用。另一方面可考慮將繳費時間前移、擴展籌資繳費期，為參合登記錄入、資料核對、信息更正提供充裕時間支持。同時，政府部門要給予困難的鄉鎮、村居參合登記經費支持，并完善考核獎罰等辦法，保證政府惠民政策落實到基層。