軌道交通是投入多、周期長、工程量大的項目。近年來，南京市審計局積極探索城市軌道交通工程審計模式，按照“積極穩妥，量力而行，提高質量，提防風險”方針，分別對南京地鐵一號線、二號線和一號線南延線等項目采用了年度跟蹤審計、在建工程審計與竣工決算審計相結合的模式，在不同的建設時期均取得了良好的效果。

　　一是年度跟蹤審計與竣工決算審計相結合。地鐵一號線線路長度達到21.72公里。工程于2000年12月12日正式開工，2005年9月3日通車。從1999年該項目立項開始，地鐵一號線采用的是每年不定期跟蹤審計，年終出具正式的財務收支報告。

　　在跟蹤審計中，根據不同的建設時期，確定不同的審計工作重點。項目建設初期，主要查證建設資金計劃來源與資金實際來源是否相符、合規，資金到位情況是否能夠滿足工程進度的需要等問題。而在項目建設后期，主要是開展單項工程結算審計。通過跟蹤既突出財務審計又關注工程結算審計。

　　二是在建工程審計與竣工決算審計相結合。地鐵工程工期長，往往到竣工時，有些前期工程超過了保修期，尾款已付完甚至無法找到施工單位當事人。如果到了這個時候再開展竣工決算審計，會給審計帶來了很多困難。為避免這種現象的出現，該局先采用概算審計與分段在建工程審計模式，到竣工時把已審的拆遷費用、各標段的工程結算、未審的結算以及全面的財務審計情況綜合而成決算審計報告。

　　在地鐵二號線的跟蹤審計中，該局先是按政府要求，開工前對其概算進行了審計。隨后，以專項審計調查形式對其一期工程沿線5個區及2個指揮部的征地拆遷財務收支情況進行了審計。地鐵二號線正式開工后，則改進審計方式，采用“全程監督、循序漸進、分段實施”的模式，平時定期跟蹤審計，發現問題及時出具跟蹤審計意見書，對資料齊備的項目，條件成熟一個就審計一個。同時優化了審計流程，采取財政部門評審和政府審計同步進行的方式，將一號線先由財政部門評審后由審計部門審計的程序，合為一次審計。