審計機關針對審計查出的問題下達審計決定，要求被審計單位限時進行整改，是全面履行審計監督職責，依法審計的終極目標。通過被審計單位的整改，可以維護國家相關法律法規、規章制度的嚴肅性，追究有關違紀違規人員的責任，可以起到預防腐敗的預警作用。但在現實審計工作中，經常出現不和諧的音符，部分被審計單位存在同類問題屢查屢犯，對審計決定要求整改充耳不聞，審計整改情況很不樂觀，存在很大的難點，主要表現在：

　　一、機制不健全。主要體現在目前還沒有出臺圍繞審計整改工作的規范性規章制度，還需在制度和機制上進行完善。要出臺關于審計整改工作的系列規定，對審計整改工作的各環節進行細化，對審計整改工作的效果進行量化，對審計機關、被審計單位、其它相關單位的義務和責任進行明確。審計機關成立至今，審計部門要求被審計單位整改僅局限于審計決定書，沒有相關制度約束被審計單位及主要領導，說到底，被審計單位愿不愿意整改、怎么整改、整改到什么程度，還是取決于被審計單位主要領導，尚若有整改機制約束，特別若有組織監督機制約束，那整改效果會很樂觀。

　　二、認識不統一。一是地方領導對審計整改工作還沒引起足夠的重視，缺乏實質性的支持力度，整改工作的氛圍不濃，有待進一步改善整改工作的外部環境。二是審計機關對于審計整改的認識也不統一，重視違紀資金的收繳，忽視審計問題的整改，認為審計整改是被審計單位的事情，與審計機關的關系不大，沒有將違紀資金收繳與審計問題整改擺在同等位置，從而也沒有積極督促被審計單位進行整改。三是審計回訪還流于形式，認為審計項目已經結束，違紀資金已經收繳，再到被審計單位會增添麻煩，有些問題被審計單位可能無法整改到位，去了也白搭，因此也就沒去回訪。即使有的進行了審計回訪，也還存在蜻蜓點水，敷衍了事的情況，總之，監督被審計單位整改力度不大，整改率較低。

　　三、整改不到位。主要表現在被審計單位存在避重就輕、敷衍了事、故意拖延、蒙混過關的錯誤認識，即使被要求整改也只是有選擇性整改。對其有利的部分，也無需花資金的容易整改到位；而對于涉及自身利益的追回挪用資金、整改以前年度違紀違規等問題，態度就變得消極，整改很難到位；對于屬于體制、機制范疇的不規范、不完善、不合理的問題，更不用說，被審計單位無法整改到位。

　　四、督辦不嚴厲。截至目前，審計機關普遍適用的是“誰審計誰負責”原則，主要由審計組長或主審人員負責跟蹤落實被審計單位整改，這樣做的好處在于審計人員熟悉情況，工作可以保持連貫性。但實際情況是審計人員在審計期間已經與被審計單位建立一定的聯系，存在早不見晚見、怕得罪人的思想，加之又比較清楚被審計單位的具體情況，因此在督辦審計整改方面就存在一定的畏難情緒，督促整改不嚴厲，從而導致了“重處罰、輕整改”現象的產生。