2010年，湖州市審計局把新型農村合作醫療基金（簡稱新農合）專項審計調查確定為信息系統審計重點項目之一，審計人員圍繞審計目標，積極探索創新，靈活應用了多種方法，對信息系統安全性、有效性和經濟性的審計有了全面提升。

　　一、探索創新，構建模擬信息系統。由于新農合實時報銷等工作對信息系統依賴性較強，為降低審計風險，審計人員積極探索，勇于創新，對被審計單位部分信息系統進行了模擬。具體方法為：審計人員自帶服務器到被審計單位，并架構好相關局域網絡，然后將被審計單位服務器數據庫的相關數據備份到自帶服務器上，同時在自帶服務器上安裝被審計單位新農合管理系統軟件，并配置好內部環境，最終完成對服務器系統和中心管理系統的模擬構建。審計人員在被審計單位信息系統中進行一般控制審計，在模擬信息系統中進行應用控制審計，這樣既提高了審計效率又減少了對新農合日常工作的干擾。

　　二、有的放矢，選準選好審計事項。由于被審計單位信息系統服務器交由電信公司進行托管，管理人員通過遠程訪問管理維護服務器。為此，審計人員精心挑選了一般控制重要審計事項，特別是針對遠程管理可能出現的問題，重點審查了信息系統邏輯訪問、網絡安全、操作系統安全、數據庫系統安全和系統災難恢復等控制情況，審計效果十分明顯。在審計時間緊、任務重、人員缺等情況下，有針對性地選好審計事項，將使審計工作事半功倍。

　　三、因地制宜，高效采集審計證據。相比其他審計事項的證據采集，信息系統的證據采集難度更大。審計人員在了解信息系統總體建設情況和新農合業務流程情況時，通過采用實地觀察法和訪談法等，繪制了信息系統結構圖和新農合業務流程圖；在一般控制審計中，采用手工檢查法和快照法等，對審查過程中有安全漏洞的環節進行了截圖留底；在應用控制審計中，采用測試數據法和快照法等，查找管理系統軟件的功能缺陷問題，并在截圖中對敏感數據進行處理，并標記問題所在，使問題一目了然。審計人員通過靈活采集信息系統審計證據，有效地支撐了審計結論，完善了審計流程。