自治區新型農村社會養老保險（以下簡稱新農保）實施方案出臺后，我區首批參加新農保試點的13個試點縣的實施方案也陸續出臺。為維護我區新農保參保農牧民的合法權益，規范新農保基金管理，自治區財政廳會同人力資源和社會保障廳印發了《新疆維吾爾自治區新型農村社會養老保險基金管理暫行辦法》（新財社[2009]359號），對新農保基金管理的基本原則、基金籌集、基金支付、賬戶設置、基金決算等問題進行了明確規定。

　　試點階段，新農保基金暫實行縣級管理，隨著試點擴大和推開，逐步提高管理層次。新農保與老農保在基金管理方面的主要區別在于，一是新農保基金納入社會保障基金財政專戶，實行收支兩條線管理，單獨記賬、核算。縣級社保經辦機構要設立新農保基金收入戶和支出戶，縣級財政部門要設立新農保基金財政專戶。收入戶和支出戶可根據方便農牧民繳費和領取養老金的原則，在財政和人力資源社會保障部門共同認定的商業銀行、郵政儲蓄銀行、農村信用社等金融機構設立。財政專戶則要根據確保基金安全的原則，在財政和人力資源社會保障部門共同認定的國有商業銀行設立。二是為保障參保農牧民的合法權益，新農保經辦機構的工作經費由同級財政部門根據實際工作需要和有關經費開支標準合理安排，納入財政預算，不得從基金中提取。

　　該辦法的及時出臺為自治區新型農村社會養老保險試點工作的順利開展提供了制度保障，確保新型農村社會養老保險籌集資金安全運行。