一是實行主管部門負責制。主管部門對專項資金的管理使用負主要責任，本著“實用、節約”的原則進行項目設計，既要具備前瞻性、實用性，又要符合經濟社會發展實際，堅決杜絕重復建設和超標準建設現象。

　　二是規范資金撥款程序。項目實施中，由主管部門向財政部門提出用款計劃和申請，經審核后，再根據項目實施進度下達用款計劃，并實行直接支付。其中，屬基本建設類的，先期撥付20%作為啟動資金，項目結算前最高撥付額不得超過項目預算的80%；屬部門專項工作類的，先期撥付30%作為啟動資金，專項工作完成后再審核撥付剩余資金，超支部分由單位自行解決。

　　三是嚴格資金核算管理。專項資金實行專帳專項核算，不得與單位人員經費、公用經費等基本支出混淆。實行專項核算的，專門設置明細科目，完整真實地反映項目支出情況。項目決算后，專項資金仍有結余的，全額上繳財政。

　　四是明確項目調整程序。項目實施中，確屬需要對設計和施工進行變更的，必須由設計部門出具設計變更說明，建設單位制定調整方案，報財政部門審核。對不需要增加投資的，由財政部門認定；對需要增加投資的，報市政府審批。未經批準，任何部門、單位和個人不得擅自改變建設內容，提高建設標準。對違反審批權限，擅自變更造成投資增加的，造價增加部分將不予撥付資金。

　　五是加強資金監督檢查。由財政、審計、監察和主管部門聯合對專項資金實施監督檢查，督促項目單位加強管理，項目結算后，形成檢查結論并存檔。對違反規定的，嚴格按照有關法規處理，構成犯罪的，移交司法機關處理。