隨著公共財政管理體系不斷完善和新農村建設進程不斷加快，涉農資金在鄉鎮財政資金支出中的比重日益加大，近年來鄞州區內審指導辦公室逐漸加大了涉農資金效益審計的力度，2009年集中力量組織各鄉鎮內審所參與區審計局的農業綜合開發的績效審計；并聯合鄞州區政府投資項目審計中心對一批涉及舊村改造和新村建設的農村小區工程進行了建設項目竣工決算審計，通過加大對涉農資金審計，查增農發基金結余收入800多萬元，核減農村小區工程結算款上千萬元，大大促進對新農村建設的投入。主要做了以下三方面的工作：

　　一、重視農業投入決策機制審計，即注重投入決策的依據、程序是否充分合理，評價投入的效果性、經濟性和效率性，效果性側重政策目標的實現程度、關注資金分配、項目安排是否引導了各鄉鎮農業發展的方向，經濟性側重資金的利用情況、關注資金撥付是否及時和符合投資計劃，項目支出是否有沉淀或損失浪費等。效率性側重資金使用、項目管理是否科學有效，關注資金管理上否具有相互制約及高效的監督機制。

　　二、注重資金全過程審計。沿著農業資金的籌集、管理、使用渠道逐級下審，對項目的立項審批、工程管理、資金使用、竣工驗收進行嚴格審查，關注農業項目立項的合理性、資金撥付的合規性、工程實施的規范程度和投資計劃的完成程度等，把可疑問題查清、查透、查實，提出改進意見和建議，使有限資金發揮最大的效益。

　　三、加強農業專項的預決算審計。針對農業工程審計容易發生虛計工程預算、高估冒算、偽造項目等違規違紀問題，他們把審計關口前移，抓好對項目設計概預算的審計，關注其編制是否合規，有無重列、多列工程量的問題等，促進建設單位加強預決算管理，真正使惠民惠農政策落到實處。