“十一五”期間，特別是在全國及全區科技大會召開之后，自治區黨委、政府做出了建設創新型內蒙古，加大科技投入的決定，自治區本級財政大幅度加大了對科技投入的力度，應用技術研究與開發資金在穩步增長基礎上，2007年新設立自治區科技創新引導獎勵資金，采取無償補助和有償支持相結合的支持方式對高新技術產業化項目給予支持，使自治區本級科技專項資金從2006年的8937萬元增加到2009年的38861萬元，增幅達到335%。

　　其中：應用技術研究與開發資金（科技三項費）從2006年的8937增加到2009年的18561萬元，增幅108%；

　　科技創新引導獎勵資金從2007年新設立投入的11063萬元，增加到2008年的16243萬元和2009年的18000萬元，其中三年用于無償補助資金25306萬元，有償支持資金20000萬元；

　　另外，自治區財政改變了以往自然科學基金和知識產權專項資金裹在應用技術研究與開發資金的管理模式，從2008年開始將自然科學基金和知識產權專項資金單獨列為預算，每年分別投入1000萬元和500萬元。