近年來，該局針對職能增加機構增設較快，下屬單位財務核算水平參差不齊，財務基礎工作和財務管理方面存在薄弱環節的實際情況，積極采納審計部門提出的加強內控制度建設、加強財務核算管理、加大下屬單位財務監管力度的建議，狠抓內部管理，為保障機關依法行政、廉潔從政、高效施政發揮了較好的作用。一是狠抓制度建設，注重建立健全長效內控管理機制，出臺了多項財務管理制度，有效地克服了在日常經費收支中存在的財務管理分散、部門多頭開支、整體不易控制的現象；二是狠抓陽光操作，實施財務透明管理。規定一萬元以上的采購報市政府采購辦公室招標購買，一萬元以下的采購，由局采購小組在廣泛詢價的基礎上討論決定， 5000元以上的采購，報請局黨組通過后再進行購買；三是狠抓績效管理，注重發揮資金的最大使用效能。著力在“兩個確保、兩個壓縮”上下功夫，即確保全局日常支出，盡量壓縮和降低行政辦公成本；確保藥品市場監管工作所需經費，壓縮非執法急需費用。