國庫集中收付制度的實行增加了財政宏觀調控能力，如何結合會計委派制集中核算的業務特點，使會計核算中心的賬務處理方法科學化、規范化成為關鍵。

　　一、本級財政部門統一調度會計核算中心資金的賬務處理

　　本級財政國庫管理部門根據財政資金的儲備情況調用會計核算中心（某些地方稱“會計工作站”）“基本戶”銀行存款，需出具合法的批件和收款收據。會計核算中心建立獨立的核算體系，真實記錄與本級財政國庫管理部門發生的資金往來，代理單位的銀行存款數額則不發生變動。

　　調出時，

　　借：暫付款-財政國庫部門-明細科目（行政單位）

　　    其他應收款-財政國庫部門-明細科目（事業單位）

　　     貸：銀行存款—會計站基本戶

　　調入時，作反方向會計分錄。

　　二、本級財政國庫管理部門根據各會計工作站備用金實有數，核撥部門預算款項的賬務處理

　　1.本級財政國庫管理部門撥入部門指標款時（資金沒有發生空間位置轉移），入賬依據有單位收款收據、部門預算和預算審批表。

　　行政單位會計分錄：

　　借：暫付款-財政國庫部門-明細科目

        貸：撥入經費-經常性經費-專項經費預算外資金收入

　　事業單位會計分錄：

　　借：其他應收款-財政國庫部門-明細科目

        貸：財政補貼收入撥入專款事業收入-財政專戶撥款

　　2.發生支出項目交由本級財政國庫管理部門直接支付時，入賬依據有發票、合同和工資表等。

　　行政單位會計分錄：

　　借：經費支出-經常性支出-專項支出預算外支出

        貸：暫付款-財政國庫部門-明細科目

　　屬于固定資產的借固定資產，貸固定基金。

　　事業單位會計分錄：

　　借：事業支出專款支出

        貸：其他應收款-財政國庫部門-明細科目

　　屬于固定資產的借固定資產，貸固定基金

　　3.授權會計核算中心支付時，入賬依據有發票、合同和其他支出資料等。

　　行政單位會計分錄：

　　借：經費支出-經常性支出-專款支出預算外支出

        貸：銀行存款-基本戶存款

　　屬于固定資產的借固定資產，貸固定基金。

　　事業單位會計分錄：

　　借：事業支出專款支出

        貸：銀行存款-基本戶存款

　　4.本級財政國庫管理部門通過銀行劃入上述部門預算指標款項時

　　借：銀行存款-基本戶存款

        貸：暫付款-財政國庫部門-明細科目

            其他應收款-財政國庫部門-明細科目（事業單位）