一、壞賬準備的管理辦法不同
會計和稅收實務中均可采用計提壞賬準備的方法預計壞賬損失，但雙方在管理辦法上存在較大差異。《企業會計制度——會計科目和會計報表》中明確指出：企業只能采用備抵法核算壞賬損失，否定了壞賬核算的直接轉銷法，在管理方式上也充分尊重企業會計主體自身的管理權限，由企業自主確定計提壞賬準備的方法，要求企業應當制定計提壞賬準備的政策，列出目錄，具體注明計提壞賬準備的范圍、提取方法、賬齡的劃分和提取比例，按照管理權限，經股東大會或董事會，或經理（廠長）會議或類似機構批準，并且按照法律、行政法規的規定報有關各方備案，并備置于公司所在地。計提方法一經確定，不得隨意變更，如確需變更，仍然應按上述程序，經批準后報送有關各方備案，并在會計報表附注中予以說明。由此可以看出，會計上計提壞賬準備純屬企業會計政策的采用問題，屬于企業內部管理事宜，只需由企業自行決定。與會計制度規定不同，在稅收管理上對納稅人發生的壞賬損失，原則上應按實際發生額據實扣除，即采用直接轉銷法，企業如果希望采用計提壞賬準備金的備抵法，必須報經稅務機關批準。
二、壞賬準備的計提方法不同
會計與稅收處理上都允許計提壞賬準備，但雙方計提壞賬準備的方法不盡相同。《企業會計制度》第53條規定：企業計提壞賬準備的方法由企業自行確定，壞賬準備計提方法一經確定，不得隨意變更。這里的規定超越了過去單一的應收賬款余額百分比法，給企業財會人員留下了職業判斷的余地，更便于企業對應收款項的管理。企業可以選擇的方法除了應收賬款余額百分比法之外，還有賬齡分析法和銷貨百分比法等，表明會計上計提壞賬準備的方法不是唯一的，這與稅法規定不同。稅法盡管沒有直接規定壞賬準備的計提方法，但《企業所得稅稅前扣除辦法》強調壞賬準備金的提取比例一律不得超過年末應收賬款余額的0.5％，說明稅收處理上仍沿襲過去的方法，即只采用應收賬款余額百分比法。
三、壞賬準備的計提比例不同
與以往行業財務制度規定一個計提壞賬準備的幅度不同，《企業會計制度》因為在方法上不再局限于應收賬款余額百分比法，所以也無法規定計提壞賬準備的比例，在確定壞賬準備的計提比例時，企業應當根據以往的經驗、債務單位的實際情況和現金流量等相關信息予以合理估計確定。但為了防范企業濫用會計政策，也限定了企業不能全額計提壞賬準備的4種情形：①當年發生的應收款項；②計劃對應收款項進行重組；③與關聯方發生的應收款項；④其他已逾期但無確鑿證據證明不能收回的應收款項。與會計規定相比，稅法顯得十分嚴格，規定壞賬準備金提取比例一律不得超過年末應收賬款余額的0.5％。通過上述比較可以看出，盡管雙方都可以按一定比例計提壞賬準備，但在具體實施上卻存在差異，稅收處理上是在納稅年度終了，按應收賬款年末余額以不超過0.5％的比例一次計算出壞賬準備的總額，而會計處理上不一定是依同一比例進行總額計提，往往要區分不同應收款項分筆計提，即壞賬準備和累計折舊一樣，盡管只進行總分類核算，但實際上是針對不同應收款項單項計提的，這可以從債務重組時需沖減重組債權計提的相應壞賬準備得到佐證。
四、壞賬準備的計提口徑不同
在2000年以前，壞賬準備的稅收處理比照行業財務制度規定執行，雙方計提口徑不存在差異。但《企業所得稅稅前扣除辦法》出臺后，雙方計提壞賬準備的口徑發生了變化。《企業會計制度》第18條規定：“企業應于期末時對應收款項（不包括應收票據）計提壞賬準備”，此處的應收款項明確指出不包括應收票據，從該制度“會計科目和會計報表” 規范中可以進一步看到，“應收款項”只指“應收賬款”和“其他應收款”科目反映和核算的內容。對于企業持有未到期的應收票據，如有確鑿證據證明不能夠收回或收回的可能性不大時，應將其賬面余額轉入應收賬款，再計提相應的壞賬準備；對于企業的預付賬款，如有確鑿證據表明其不符合預付賬款性質，或者因供貨單位破產、撤銷等原因已無望再收到所購貨物的，應將其賬面余額轉入其他應收款，再計提相應的壞賬準備。而《企業所得稅稅前扣除辦法》規定計提壞賬準備的年末應收賬款是納稅人因銷售商品、產品或提供勞務等原因，應向購貨客戶或接受勞務的客戶收取的款項（含代墊的運雜費），此處的年末應收賬款包括應收票據的金額，并且特別強調納稅人發生的非購銷活動的應收債權以及關聯方之間的任何往來賬款，不得提取壞賬準備金，從而否定了其他應收款可以計提壞賬準備。雙方都對應收賬款計提壞賬準備，但口徑不一致，稅收上是剔除了關聯方之間往來賬款后的余額；雙方都對應收票據計提壞賬準備，但時間上不一樣，稅收上是直接計提，而會計上要待轉入應收賬款后再計提。
五、對關聯交易壞賬準備的處理不同
《企業會計制度》第12章對關聯方之間的交易作了具體規范，因而并未在壞賬準備計提上明確區分關聯方之間往來款項與非關聯方之間往來款項的會計政策，但是為了防范企業濫用會計政策，轉移利潤，對關聯方之間的應收款項規定不得全額計提壞賬準備，表明會計處理上允許計提壞賬準備，但計提比例不能是100％。稅收處理上對關聯方交易形成的壞賬規定比較嚴格，規定關聯方之間的任何往來壞賬款，不管是否購銷活動，均不得提取壞賬準備金，而且對關聯方之間的往來賬款一般也不得確認為壞賬，除非是經法院判決負債方破產，破產企業的財產不足以清償的負債部分，經稅務機關審核后方允許債權方企業作為壞賬損失扣除。
六、壞賬準備的核銷程序不同
會計處理上要求企業對于不能收回的應收款項應當查明原因，追究責任，根據企業管理權限，經股東大會或董事會，或經理（廠長）辦公會議或類似機構批準后作為壞賬損失，沖銷提取的壞賬準備，在管理上只要由內部權力機構批準即可；對壞賬損失的確認，會計處理上并無明確的規定，只是列舉了諸如債務單位撤銷、破產、資不抵債、現金流量不足等情形。稅收處理上要求對企業實際發生的壞賬損失，應沖減壞賬準備金余額，超過已提取的壞賬準備的部分，在發生當期直接扣除，這里其實包含了備抵法和直接轉銷法兩種壞賬核算方式，但無論是沖減壞賬準備還是直接扣除，在稅務管理上都要作為財產損失履行相應的報批手續，經稅務機關審核批準后方可在稅前扣除。這是為了防范侵蝕稅基、維護國家權益的必經程序，對稅務機關來說，企業權力機構審批的會計處理方案只能作為參考依據，因為稅收上認定應收賬款成為壞賬有明確的標準：①債務人依法被宣告破產、撤銷，其剩余財產確實不足清償；②債務人死亡或依法被宣告死亡、失蹤，其財產或遺產確實不足清償；③債務人遭受重大自然災害或意外事故，損失巨大，以其財產確實無法清償；④債務人逾期未履行償債義務，經法院裁決確實無法清償；⑤逾期3年以上仍未收回；⑥經國家稅務總局批準核銷。不符合上述條件的，壞賬損失稅前不得扣除。
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