1、很難避免非法侵擾。網絡是一個開放的環境，在這個環境中一切信息在理論上都是可以被訪問到的，除非它們在物理上斷開連接。因此，網絡下的會計信息系統很有可能遭受非法訪問甚至黑客或病毒的侵擾，一旦發生將造成巨大的損失。

　　2、電子商務給內部控制出難題。隨著電子商務的迅猛發展，網上交易愈加普遍，可以想象在不久后企業的全部原始憑證都將成為數字格式，這加強了企業對網上公證機構的依賴。但直到目前相應的技術和法規還遠沒有達到完善，這也給系統的內部控制造成困難。

　　3、內部稽核難度加大。若要信息系統進行審核，則必須克服下列幾項問題：企業可能會擔心相關內部資料暴露于外，影響其競爭能力；稽核必須運用更復雜的查核技術，會計師必須培訓具備復雜電腦資料處理能力，定能勝任此項工作；稽核將大幅增加查核所需的時間與成本。

　　4、網絡環境下無形資產轉移難以控制。無形資產是一種動態資產，如人力資產的轉移無須借助外界的力量即可發生，在利益機制的驅使下在網上很容易轉移。