電算化會計實行的是電子檔案與紙質檔案并行的雙套制管理。所謂紙質檔案指的是計算機打印出來的書面形式的會計資料及其所附的原始憑證。對它們的管理，主要是參照傳統會計的檔案管理方法進行，同時也要根據計算機的特點，注意其管理的規范性。 

　　對于計算機打印輸出的書面檔案，在電算化會計系統中應設置控制機制，實行輸出檔案在機內的自動連續編號，以便于從總體上把握書面輸出的文檔。此外，還應制定輸出檔案的內容、件數、保管人和使用人的登記制度，操作時嚴格按照制度規定進行記錄，打印出的紙質檔案經審核人員核對以后，應加蓋制單人員、審核人員、記賬人員及會計機構負責人的印章或者簽字，以明確責任，保證檔案的法律效力。這樣，將責任落實到人，在一定程度上能有效地保障輸出紙質檔案的安全可靠。 

　　還應指出，在紙質檔案和電子檔案的雙套制管理體制下，無論哪一種形式的保管體系，均應注明另一種形式的相關信息。如在紙質檔案的備考表或卷內目錄“備注”中注明相對應的電子檔案的檔號及存址，以便利用時相互對照。