增值稅會計處理的弊端主要表現為：

　　第一，與實際成本原則(歷史成本計價原則)相背離。

　　實際成本原則是指，企業的各種資產應當按其取得或購建時發生的實際成本進行核算，它要求對企業資產、負債及所有者權益項目的計量，應當基于經濟業務的實際交易價格或成本。一般納稅人在購進貨物并取得增值稅專用發票的情況下，實際付出的是貨物的買價、采購費用和增值稅。按現行增值稅核算辦法，買價計入存貨成本，增值稅記入“應交稅金——應交增值稅(進項稅額)”科目，據此反映的存貨成本只是實際成本的一部分，不符合實際成本計價原則的要求。

　　第二，未真實反映企業增值稅負擔水平。

　　現行會計處理方法在確認銷項稅額時與銷售收入的確認基本一致(視同銷售除外)，但作為銷項稅額抵扣的進項稅額，卻采用“貨到扣稅法”或“付款扣稅法”。由于當期所購人的原材料并不一定全部被消耗在當期已銷售的產品成本中，因此。企業每期交納的增值稅并非真正的增值部分，也不符合會計配比原則。同一時期的銷項稅額與進項稅額不相配比，使得人們難以從銷售收入同增值稅的邏輯關系上判斷企業是否合理地計算并交納了增值稅，以及銷售業務增值稅的實際負擔水平，且其對企業損益的影響，不便于信息使用者全面了解企業的盈利過程。

　　第三，違背了會計核算可比性原則的要求。

　　從單個一般納稅人看，如果購進貨物時按規定取得了增值稅專用發票，其存貨成本就不包括付出的增值稅進項稅額，如果是取得普通發票或取得的增值稅專用發票不符合規定，其存貨成本則包括付出的增值稅進項稅額。同一企業的存貨，有的按價稅分離進行會計核算，有的按價稅合一進行會計核算缺乏可比性。另外，從一般納稅人和小規模納稅人的關系看，一般納稅人在取得符合規定的增值稅專用發票時，存貨成本按價稅分離核算，而小規模納稅人不論是否取得了增值稅專用發票，均按價稅合一核算存貨成本，從而又導致了不同類型企業的存貨計價缺乏可比性。由于營業稅采用含稅法進行會計處理，這樣現行會計報表分成了兩大板塊：征收增值稅的生產企業、商業企業，其報表中的“主營業務收入”、“主營業務成本”以及存貨類科目均為不含稅科目；征收營業稅的非生產性服務企業，其報表中的這些科目卻為含稅科目。口徑的不同嚴重影響了兩類報表的可比性，也使得兩類報表的合并缺乏解釋基礎。

　　第四，未能充分揭示增值稅會計信息。

　　由于增值稅不能作為費用進入損益表。企業獲致利潤的過程無法完整再現，報表使用人無法確知增值稅對本期損益的影響程度。在現行的增值稅會計制度中，沒有增值稅的費用賬戶，所有相關費用計入購入貨物成本或轉入“在建工程”、“應付福利費”等科目中，使得會計報表不能充分揭示增值稅會計信息。

　　第五，出口退稅清算差異的費用無法確認。

　　所謂的出口退稅清算差異是指：在實際工作中，企業申報的出口退稅與稅務部門實際清算后返還的出口退稅數額之間存在的差異。據估計，我國很大部分的出口企業未能收回的應收退稅額大約在3％～5％之間。對此若不計提一定的準備金是違反謹慎性原則的。

　　增值稅費用化的理論分析如下：

　　第一，現行的增值稅會計處理所謂的“代理說”缺乏理論依據。

　　首先，現行增值稅會計處理在不少概念的使用上沒有遵循會計學的定義。我國《企業會計準則——收入》中收入的定義是：收入是指企業在銷售商品、提供勞務及讓渡資產使用權等日常活動中所形成的經濟利益的總流入。由此可見，收入是由于銷售商品等而發生的經濟利益總流入(其表現形式為資產增加或負債減少)，其金額理應與其對應的銀行存款或應收賬款賬戶的金額相等。因此，在確認收入時就應將銷項稅從銷售收入中剔除掉的做法是有違會計概念的。其次，銷項稅與銷售收入的確認違反邏輯，與其他流轉稅的處理方法相矛盾。收入的實現是納稅義務成立的先決條件，沒有收入就沒有納稅義務，然而免除了納稅義務，并不會導致收入的消亡，只會增加銷售利潤，二者是“母子關系”。因而會計必須按照“兩筆業務觀”進行賬務處理：先按交換價格確認銷售收入，然后再確認銷項稅。現行規定采用的是“一筆業務觀”，銷售一旦成立，銷項稅便與銷售收入分離了。這樣不僅本身違反邏輯，而且與其他流轉稅的處理方法相矛盾。再次，有背于會計核算的四大前提，缺乏首要前提——會計主體。會計核算有四大前提，其中首要前提便是會計主體。如果僅僅因為增值稅的價外稅形式和扣稅機制等征稅技術方面的原因，就主觀認為企業只是增值稅的代理人，并因而成為增值稅的局外人是不妥當的。代理說是從稅務機關的角度看問題，其主體是稅務機關而非企業，按代理說設計的增值稅會計處理只能反映企業的納稅義務，而不能反映企業的增值稅負。最后，獨立性是會計得以生存和發展的前提。在稅法支配會計的模式下，會計喪失其應有的獨立性，成為稅法的附庸，必然會引起會計系統內部邏輯上的混亂，會計信息的決策有用性也會大大降低。

　　第二，增值稅費用化存在其理論依據。現行增值稅會計處理的理論基礎“代理說”將增值稅的流轉特征與其轉嫁性混淆。在經濟學上，作為間接稅的增值稅，其稅負的轉嫁程度取決于課稅商品供求雙方的力量對比；確切地說，即供給彈性和需求彈性的相對強弱。彈性越強，說明避稅能力越強，當供給彈性大于需求彈性時，供給方就能將大部分稅負轉嫁給需求方；反之，供給方則要承擔大部分稅負。只有碰到需求彈性為零的這種極端情況，需求方才不得不承擔全部稅負，所以在絕大多數情況下，企業都要關心每一筆增值稅。增值稅費用化的理論基礎是“費用說”，增值稅是對增值額的課稅。理論上的增值額是指企業所銷商品的價值(C+v+M)扣除了購入成本(c)后的余額(v+M)，亦即：增值稅=f(c+v+M)-c1×R，其中R是稅率。按照這一公式設計的征稅辦法稱為“扣額法”。扣額法由于征稅成本較高，逐漸被“扣稅法”所取代。扣稅法的公式為：增值稅=(C+V+M)xR-CxR：銷項稅一進項稅。扣稅法使稅務局得以按發票計算稅款，手續大為簡便。現行增值稅不僅實行扣稅法，還采用了“價外稅”的形式，即計稅價格中不含稅款。然而這并不意味著增值稅不能價內收取，以含稅價格計稅時，現行17％的增值稅率將變為：17％÷(1+17％)=14.53％。扣稅法和價外稅只是可供選擇的征稅技術，并不會使增值稅的本質發生任何改變。增值稅仍然是企業創造的商品價值的一部分，而不可能是“代購代銷的貨物”。從會計的角度來看，增值稅是企業為了獲取收入而必須付出的資產，符合費用的定義，理應進入損益表。從費用的角度來看，增值稅與其他流轉稅都是銷售時確認的，須與銷售收入相配比，企業的銷售收入中應當包含銷項稅，存貨成本中應當包含進項稅。