一是國庫集中支付與會計集中核算的關系處理。會計集中核算改革是在進入新世紀后，在基層普遍實施的一項重要的財政改革。會計集中核算改革前，包包賬、流水賬在各預算單位是一個普遍存在的問題。推行會計集中核算改革，主要是為了解決基層預算單位財務收支不規范、會計基礎工作差這一現實問題。經過多年運行，事實證明，會計集中核算改革后，規范了預算單位的財務收支和會計基礎工作，會計集中核算比較適合基層預算單位的實際情況。基層的一些做法是實施國庫集中支付改革后就不要會計集中核算了。筆者認為，取消會計集中核算后，基層各預算單位的財務收支與會計基礎工作又會重新回到會計集中核算改革前的狀況。這樣的做法有點激進，不符合基層的實際情況，理由是：基層預算單位財務會計工作人員素質參差不齊。能夠適應國庫集中支付改革需要的人才很少。財政部門與各預算單位的聯網更是一個現階段不可能解決的困難。基層實施國庫集中支付改革，一個不容忽視的現實困難是：信息技術人才缺乏，技術力量沒有保障。

　　二是國庫集中支付的本質。國庫集中支付改革本質上是對傳統的國庫支付（撥款）模式的一種改進。根據經濟社會發展要求，運用先進的信息技術，把對各預算單位的撥款，由傳統的按進度撥款，改為按需撥款。以前財政部門給各預算單位的撥款不考慮各預算單位對財政資金的實際需要情況。這樣就出現兩種情況：一種情況是財政部門撥款不能滿足預算單位的實際需要；另一種情況是預算單位本期對財政資金的需要少于財政部門對預算單位的撥款，財政資金就在預算單位的賬戶沉淀下來，這樣就沒有充分發揮有限的財政資金的效益。國庫集中支付改革后，可以很好的解決這一問題。筆者認為，國庫集中支付改革本質上是為了解決財政資金在國庫的體外沉淀，提高財政資金使用效益。

　　三是國庫集中支付改革與會計集中核算之間的聯系。國庫集中支付改革改的是財政部門與預算單位的經費支撥方式，實施按需撥款的經費支撥方式；會計集中核算本質是預算單位的代理記賬。按需撥款與代理記賬之間沒有非此即彼的矛盾。相反，就當前基層的實際情況而言，在會計集中核算基礎上實施國庫集中支付改革更具有可行性。針對目前各預算單位財務會計人員的素質參差不齊這一現實，會計集中核算集中了一批高素質的財務會計專業人員辦理業務，可以有效地解決這一問題。相比較與各預算單位的聯網，與會計集中核算機構聯網更具有可行性，同時可招聘相應信息技術專業人才。