中山大學謝賢星教授認為，要使財政國庫管理制度改革進一步深化和規范，首先必須解決一些相關的認識問題。

　　一、國庫集中收付制度不是“統收統支”體制的復歸。 有的同志認為搞國庫集中收付制度是“穿新鞋走老路”，是舊體制的再現，不利于調動各部門的理財積極性。這種認識識是不正確的。保護各部門的理財積極性是財政部門的一貫方針。實行國庫集中收付制度是為了規范部門財務收支行為，提高財政資金的使用效率，建立起公開、高效、廉潔、務實的財政管理運行機制，變“暗箱”操作為“陽光”操作，增強透明度，進一步提高各部門的理財積極性，并不改變各部門財務的權力和責任。因而不能與舊體制相提并論。

　　二、國庫集中收付制度不等于集中核算。 有的同志認為搞國庫集中收付制度就是搞會計集中核算。作為較小的鄉（鎮）甚至較小的縣（市）實行會計集中核算是可以考慮試行的。因為鄉（鎮）甚至較小的縣（市）本身就不必要像省（市）那樣設立許許多多的部門。設立財政支付機構并不一定要取消各部門的會計核算，而是為了確保財政資金支付的安全效率。

　　三、國庫集中收付制度不等于否定行政部門的會計主體地位。 有的同志認為搞國庫集中收付制度就是把部門的會計、出納取消，國家機關、行政部門不再是會計主體了。這也不對。《中華人民共和國會計法講話》一書中指出：“國家機關是指從事國家管理和行使國家權力的機關，包括權力機關、行政機關和司法機關。國家機關在履行職能時需要必要的經費支持并發生經費收支等，從而產生會計事務，因而成為《會計法》的調整對象。需要強調的是，有些承擔監督會計工作職能的國家機關，如財政部門等，是《會計法》的雙重調整對象，即：國家機關的內部會計事務應當執行《會計法》的規定，因而是《會計法》的調整對象；同時，國家機關管理和監督會計工作的行為也應當執行《會計法》，因而也是《會計法》的調整對象。”財政部部長項懷誠編著的《中國財政管理》一書中也指出：“改革以后，新的預算會計體系由各級財政總預算會計、行政單位會計、事業單位會計以及參與預算執行的國庫會計、收入征解會計等構成。”這就是說國家機關（各部門）仍然是會計主體，仍然要承擔起會計責任。預算改革、細化預算、零基預算等都要依靠各部門來具體實施。把行政部門放在對立的位置上或者取消行政單位會計是難以推行國庫集中收付制度的。

　　四、推行國庫集中收付制度不等于由財政部門統一核算。 有的同志認為搞國庫集中收付制度就是把部門的財務會計統統交給財政部門或其核算中心，各行政單位沒有財務會計責任了。這也不妥。《會計法》第二條規定“國家機關、社會團體等（以下統稱單位）必須依照本法辦理會計事務”。我們歷來強調事權與財權相結合，各行政部門要行使其職能必須具有一定范圍的政治權力，同時又必須擁有其相應的財力作保證。兩者必須統一，缺一不可。如是說由財政部門統一核算，那么事權與財權必然相脫節，因為財政部門不可能做到財權與事權恰當的、緊密的相結合。很可能造成權責分離，難以追究相關方面的責任，也會影響到事業的發展。

　　五、推行國庫集中收付制度不是“快刀砍亂麻”。 有的同志認為搞國庫集中收付制度就是要“快刀砍亂麻”，越快越好。這也不對。市場經濟國家實行國庫集中收付制度至少有幾十年甚至上百年的歷史，不斷摸索，積累經驗，才有今天的狀況。我們的公共財政才剛剛起步，不可能一蹴而就。應該堅持實事求是的方針，漸進式地推進。在改革的過程中，應因地制宜，因勢利導，穩扎穩打，不搞一哄而上，不搞一刀切，重在效率，重在通過財政國庫管理制度改革推動事業的發展和經濟的有效增長。