甲建筑工程有限公司（以下簡稱“甲公司”）2003年在土地交易中心受讓一塊面積1226.2平方米的國有土地使用權(quán)，經(jīng)當(dāng)?shù)匕l(fā)改委審核批準(zhǔn)擬進(jìn)行房地產(chǎn)開發(fā)，并專門成立項(xiàng)目開發(fā)部（以下簡稱“該項(xiàng)目”），未成立獨(dú)立項(xiàng)目法人。由于資金不足，2006年，甲公司聯(lián)合該市乙房地產(chǎn)開發(fā)有限公司（以下簡稱“乙公司”）合作開發(fā)該項(xiàng)目。合作協(xié)議約定，雙方共同出資1000萬元，其中甲公司出資52%，乙公司出資48%，待開發(fā)完畢，依此比例分配開發(fā)產(chǎn)品。2009年，因開發(fā)過程中雙方出現(xiàn)嚴(yán)重分歧，甲公司將該項(xiàng)目整體轉(zhuǎn)讓給乙公司，乙公司支付甲公司出資額520萬元。
2011年，在房地產(chǎn)稅收專項(xiàng)檢查中，稽查人員發(fā)現(xiàn)，甲公司、乙公司在該項(xiàng)目轉(zhuǎn)讓過程中未辦理契稅納稅申報(bào)手續(xù)。檢查人員對合作開發(fā)者間進(jìn)行項(xiàng)目整體轉(zhuǎn)讓的情形如何征收契稅存在兩個疑問：一是項(xiàng)目開發(fā)過程中，合作者間進(jìn)行項(xiàng)目轉(zhuǎn)讓要不要征收契稅？二是契稅的計(jì)稅依據(jù)如何確認(rèn)？
甲公司將未開發(fā)完的項(xiàng)目整體轉(zhuǎn)讓給乙公司，房屋尚未建成，應(yīng)定性為土地轉(zhuǎn)讓行為。根據(jù)《契稅暫行條例》的規(guī)定，境內(nèi)轉(zhuǎn)移土地，房屋權(quán)屬，承受的單位和個人為契稅的納稅人，而土地使用權(quán)轉(zhuǎn)讓屬于轉(zhuǎn)移土地的行為，乙公司應(yīng)就轉(zhuǎn)讓環(huán)節(jié)承受土地的行為履行契稅納稅義務(wù)。
根據(jù)轉(zhuǎn)讓協(xié)議，乙公司給付甲公司的520萬元項(xiàng)目轉(zhuǎn)讓款，不含乙公司的前期投入成本。稽查人員在案件辦理過程中，針對契稅計(jì)稅依據(jù)如何確認(rèn)有兩種意見：一是按照乙公司付給甲公司的520萬元項(xiàng)目轉(zhuǎn)讓款為準(zhǔn)；二是按照最初取得土地的成本加經(jīng)評估后的土地增值部分確認(rèn)轉(zhuǎn)讓收入，也就是乙公司實(shí)際支付額520萬元加上乙公司實(shí)際投入資金作為計(jì)稅依據(jù)。財(cái)政部、國家稅務(wù)總局《關(guān)于使用權(quán)轉(zhuǎn)讓契稅計(jì)稅依據(jù)的批復(fù)》（財(cái)稅[2007]162號）規(guī)定，土地使用者將土地使用權(quán)及所附建筑物、構(gòu)筑物等（包括在建的房屋、其他建筑物、構(gòu)筑物和其他附著物）轉(zhuǎn)讓給他人的，應(yīng)按照轉(zhuǎn)讓的總價款計(jì)征契稅。甲公司、乙公司在該項(xiàng)目轉(zhuǎn)讓中，協(xié)議轉(zhuǎn)讓金額520萬元是否可認(rèn)定為文件中所指的轉(zhuǎn)讓總價款，須進(jìn)行法理分析。在法理上，甲公司、乙公司合作開發(fā)該項(xiàng)目，未成立獨(dú)立的項(xiàng)目法人，乙公司在前期的投入應(yīng)認(rèn)定為對甲公司的債權(quán)性投資（經(jīng)調(diào)查，乙公司前期投入成本450萬元），對甲公司來講，會計(jì)分錄為：
借：開發(fā)成本 4500000
貸：長期應(yīng)付款 4500000
轉(zhuǎn)讓款520萬元實(shí)際為該項(xiàng)目經(jīng)評估增值后的總價值抵扣甲公司對乙公司債務(wù)（乙公司投入成本450萬元）后的差額，對乙公司來講，會計(jì)分錄為：
借：開發(fā)成本 5200000
貸：銀行存款 5200000
在不考慮契稅征收評估價格的情況下，契稅計(jì)稅依據(jù)應(yīng)以上述第二種意見為準(zhǔn)，以乙公司實(shí)際支付額520萬元加上乙公司實(shí)際投入資金作為計(jì)稅依據(jù)征收契稅（實(shí)際投入450萬元，當(dāng)?shù)仄醵惗惵蕿?%），應(yīng)繳契稅（520＋450）×4%＝38.8（萬元）。會計(jì)分錄為：
借：開發(fā)成本 388000
貸：銀行存款 388000