A公司2002年5月與B企業簽訂了一份財產租賃合同，將A公司一廠房出租給B企業使用，合同中明確租金為：20萬元/年，按合同約定承租企業每年支付租金給A公司。而A公司對出租部分的房產計算繳納房產稅時與其他房產一樣，按照房產的計稅余值適用12％的稅率計算繳納。

    根據《房產稅暫行條例》第三條第一款規定：房產稅依照房產原值一次減除10％～30％后的余值計算繳納。具體減除幅度，由省、自治區、直轄市人民政府規定。第三條第三款還明確規定：房產出租以房產租金收入為房產稅的計稅依據。

    因此，出租房雖然在權屬上仍歸A公司所有，但該公司收取的租金要按規定計算繳納房產稅。A公司以房產的計稅余值來計算繳納房產稅的做法是錯誤的。稅務機關應依法對該公司作出了限期補繳少繳稅款并加收滯納金的處理。