在實際工作中，由于土地增值稅的納稅人包括主營房地產業務的房地產開發企業及兼營房地產業務的其他單位，二者的財務制度存在差異，因此，印花稅被允許列支的會計科目有所不同，致使許多企業在計算增值額時，往往出現重復扣除印花稅的問題，從而少繳土地增值稅。筆者以為，計算增值額時，扣除印花稅應分清納稅人的行業性質，依據不同的行業性質分別進行處理。

    一、房地產開發企業。其開發費用是指與房地產開發項目有關的銷售費用、管理費用、財務費用。轉讓房地產時繳納的印花稅已列入“管理費用”科目、計算土地增值額時，可相應作為開發費用予以扣除。因此，納稅人在扣除與轉讓房地產有關的稅金時，只需扣除營業稅金及附加，而印花稅則不允許再重復扣除。

    二、除房地產開發企業外的其他單位。其扣除項目包括地價款、房產評估價格、轉讓環節的稅金及按國家規定交納的交易手續費和評估費。由于這些單位轉讓房地產并不是主營業務，其財務制度規定，轉讓房地產時繳納的印花稅在“其他業務支出”、“其他營業支出”等科目中列支。因此，計算土地增值額時，扣除項目中的稅金除了營業稅金及附加外，繳納的印花稅也允許在此扣除。