企業所得稅：開發區內生產型外商投資企業減按15％的稅率繳納企業所得稅，經營期10年以上的，實行“二免三減半”的優惠，即自獲利年度起，兩年免征，三年減半征收。新辦外商投資企業投資額在1000萬美元以上且經營期15年以上的，或高新技術企業投資額在500萬美元以上且經營期15年以上的，企業所得稅實行“五免五減半”的優惠，即從獲利年度起，頭兩年免征企業所得稅，第三年至第五年減半征收企業所得稅；第三年至第五年由南通開發區財政補貼相當于企業已繳納所得稅地方留成部分的100%，第六至第十年由開發區財政補貼相當于企業已繳納所得稅地方留成部分的50%.開發區內生產型外商投資企業，免征地方所得稅。

　　企業營業稅：在開發區注冊并納稅的外商投資企業（不含外資建筑總承包公司）所繳納的營業稅，開發區財政按年度納稅額的25%予以補貼。

　　年度虧損結轉：開發區內外商投資企業發生年度虧損，可以用下一納稅年度的所得彌補；下一納稅年度的所得不足彌補的，可以逐年延續彌補，但最長不得超過5年。

　　再投資退稅：外國和港澳臺地區的投資者將從開發區企業分得的利潤再投資于本企業或再興辦新企業，經營期不少于5年的，經稅務機關核準，可退還再投資部分已納所得稅稅款的40％；若上述投資投入產品出口企業或先進技術企業，經營期不少于5年的，經稅務機關核準，可全部退還其再投資部分已繳納的所得稅稅款。

　　個人所得稅：在中國境內無住所，但是在一個納稅年度中在中國境內連續或者累計居住不超過90日的個人，其來源于中國境內職務的所得，由境外雇主支付并且不由該雇主在中國境內的機構、場所負擔的部分，免予繳納個人所得稅。

　　海關稅收：投資項目屬《外商投資產業指導目錄》中鼓勵類和限制乙類的，經有關部門確認后，在投資總額內進口生產用機器設備免征進口關稅。

　　如采用加工貿易方式（含來料加工和進料加工），進口原材料后生產的產品復出口的，只要原材料不屬于加工貿易進口限制類商品的，免征進口關稅。