我國入世之后，醫藥行業屬于受沖擊較大的行業，有關機構需要很好利用目前的稅收優惠政策，壯大自身實力，才能在過渡期后獲得生存和發展的機會。目前我國對醫療衛生機構有哪些稅收優惠政策呢？財政部、國家稅務總局《關于醫療衛生機構有關稅收政策的通知》（財稅[2000]42號），集中規定了醫療衛生機構可以享受的稅收優惠政策，優惠內容相當廣泛，也比較復雜，納稅人必須準確理解和把握。

　　優惠政策的內容

　　對醫療衛生機構的稅收優惠政策，主要是按機構的性質來劃分的。醫療衛生機構分為營禾性和非營利性兩種；此外還有疾病控制、婦幼保健等專門機構。

　　醫療機構包括：各級各類醫院、門診部（所）、社區衛生服務中心（站）、城鄉衛生院、護理院（所）、療養院、臨床檢驗中心等。

　　疾病控制、婦幼保健等機構包括：各級政府及有關部門舉辦的衛生防疫站（疾病控制中心）、各種專科疾病防治站（所），各級政府舉辦的婦幼保健所（站）、母嬰保健機構、兒童保健機構等，各級政府舉辦的血站（血液中心）。

　　醫療機構需要書面向衛生行政主管部門申明其性質，按《醫療機構管理條例》進行設置審批和登記注冊，并由接受其登記注冊的衛生行政部門核定，在執業登記中注明“非營利性醫療機構”或“營利性醫療機構”，并按機構的性質分別享受以下優惠政策。

　　非營利性醫療機構的稅收優惠政策

　　1.對非營利性醫療機構按照國家規定的價格取得的醫療服務收入，免征各項稅收。醫療服務是指醫療服務機構對患者進行檢查、診斷、治療、康復和提供預防保健、接生、計劃生育方面的服務，以及與這些服務有關的提供藥品、醫用材料器具、救護車、病房住宿和伙食的業務。

　　2.非營利性醫療機構將取得的非醫療亨服務收入，直接用于改善醫療衛生服務條件的部分，經稅務部門審核批準可抵扣其應納稅所得額，就其余額征收企業所得稅。

　　3.對非營利性醫療機構自產自用的制劑，免征增值稅。

　　4.對非營利性醫療機構自用的房產、土地、車船，免征房產稅、城鎮土地使用稅和車船使用稅。

　　營利性醫療機構的稅收優惠政策

　　對營利性醫療機構取得的收入，直接用于改善醫療衛生條件的，自其取得執業登記之日起，3年內給予下列優惠：

　　1.對其取得的醫療服務收入免征營業稅；

　　2.對其自產自用的制劑免征增值稅；

　　3.對營利性醫療機構自用的房產、土地、車船免征房產稅、城鎮土地使用稅和車船使用稅。

　　疾病控制機構和婦幼保健機構等衛生機構的稅收優惠政策

　　1.對疾病控制機構和婦幼保健機構等衛生機構按照國家規定的價格取得的衛生服務收入（含疫苗接種和調撥、銷售收入），免征各項稅收。

　　2.對疾病控制機構和婦幼保健機構等衛生機構取得的其他經營收入，如直接用于改善本衛生機構衛生服務條件的，經稅務部門審核批準可抵扣其應納稅所得額，就其余額征收企業所得稅。

　　3.對疾病控制機構和婦幼保健機構等衛生機構自用的房產、土地、車船，免征房產稅、城鎮土地使用稅和車船使用稅。

　　納稅人享受優惠政策，必須注意：不按照國家規定價格取得的醫療服務等衛生服務收入不能享受上述稅收優惠政策；醫療機構的藥房分離為獨立的藥品零售企業的，應按規定征收各項稅收。