目前，我國商業銀行所得稅的繳納方式主要有三種：一是由分支機構逐級納稅調整后由其總行集中繳納，其他稅種則由分支機構就地交納，這也是各大商業銀行基本上采用的方式；二是在年度中間由分支機構就地預繳，年度終了再由總行統一匯算清繳；三是由各地分支機構向地方自行繳納所得稅。這三種方式可以說是各有利弊，但是從納稅數額上來說，前兩種方法更具優勢。因為若某分支行某年度出現應納稅所得額為負的現象，在匯算清繳時可以抵消掉一部分應納稅所得額。對于營業稅的繳納也亦采用合并繳納的方法，因為我國稅法規定，同一大類不同品種金融商品買賣出現的正負差，在同一個納稅期內可以相抵，相抵后仍出現負差的，可結轉下一個納稅期相抵，但年末時仍出現負差的，不得轉入下一個會計年度。因此，在各個營業分支機構的營業額出現由正負差時，應合并繳納營業稅，這樣可以得到節稅的效果。