國際運輸是指跨國專業運輸公司所經營的業務。目前，國際稅收協定條款所涉及的三種國際運輸業務是海運、空運和汽車運輸，而納入國際稅收籌劃的也正是這三項運輸業務。然而，國際法條款有關交通工具管轄權的歸屬問題，只涉及到海運和空運兩項運輸業務，這說明船舶和飛機是國際運輸的特殊類型。

　　國際運輸涉及的稅收既有直接稅，也有間接稅。直接稅的課稅對象是運費收入、客運收入、船舶和飛機所有者的財產所得、陸地業務所得（涉及的稅種包括所得稅、財產稅、資本利得稅），以及運輸公司員工的工資薪金所得。間接稅包括消費稅、增值稅、關稅及其他附加稅。間接稅的課稅對象是公司的運輸服務價格（如增值稅），以及進口的設備、運輸工具、燃油等的關稅價格（如增值稅、消費稅、關稅）。有些定額或從價稅也可以運輸公司的碼頭和機場服務費為課稅對象（如各種碼頭費、機場服務費、空中通道費等）。

　　在上述情況下，課稅主體通常是以船舶或飛機來從事國際運輸的海運公司或航空公司。盡管船舶和飛機懸掛注冊地國家的國旗、但按大部分國家的法律，它不構成獨立的法律主體以及相應的納稅人地位。

　　國際運輸的稅收大部分類似于各種國際商業活動的稅收——由船舶或飛機所有者的居住國征稅（公司全球利潤的公司所得稅），也可按地域原則由所得來源國征稅。例如，外國（地區）的海運企業和航空企業以船舶或飛機從事國際運輸，從中國港口或機場起運旅客和貨物到達目的地所取得的運輸收入，應按照中國的營業稅、外商投資企業和外國企業所得稅法的規定，計算繳納營業稅和所得稅。中國對外國海運、航空企業應繳納的營業稅和所得稅，采取按應納稅額占運輸收入總額的比例為綜合稅率計算征收，其綜合稅率為4.65％。具體包括營業稅稅率3％；稅法規定企業所得稅按應納稅所得額計算、稅率為30％，按運輸收入總額的5％計算應納稅所得額，應納企業所得稅額占客貨運輸收入的1.5％；稅法規定地方所得稅按應納稅所得額計算，稅率為3％，應納地方所得稅額占運輸收入總額的0.15％。以上合計為運輸收入額的4.65％，即為綜合稅率，按每次起運客貨的運輸收入額計算納稅。對從事國際運輸業務的外國企業，僅就來源于中國境內的所得征收企業所得稅；對外國運輸企業的征稅，并不以在中國境內設立“機構”為條件。這是國際上通行的做法。運輸收入總額以后還要歸入企業的全球運輸所得中，在海運、航空企業的居住國第二次納稅，這樣，就出現了法律性的雙重征稅?？梢酝ㄟ^簽訂國家間避免雙重征稅的協定來解決這個問題，即采用稅收抵免和免稅機制。凡與中國有稅收協定，海運、空運協定以及互免海運、空運企業運輸收入稅收協定的，都互免對方國家海運、空運企業的所得稅。

　　除了避免所得和財產雙重征稅的稅收協定外，有關國家之間也可簽訂專門的有關交通運輸的稅收協定。國際上基本傾向于由管理機構所在地的國家獨占國際運輸所得的征稅權，認為這樣做比較適宜。但發展中國家堅持收入來源地有權對國際運輸收入征稅，因此，不少國家的稅收協定規定，國際運輸收入的來源國可行使部分的地域管轄權征稅。

　　運輸公司在低稅管轄區或在對離岸運輸公司規定有專門稅收優惠的國家登記注冊，可以降低公司的有效稅率，減輕全球稅收負擔。那些允許離岸海運公司登記注冊的避稅地，除了低所得稅外，財產稅也很低，且船舶登記手續十分簡便。由于現代船舶非常昂貴，所以上述狀況可能有較大意義。

　　按海洋法領域的國際協定，在避稅港注冊的船舶，在世界各主要海港可享受優惠的法律制度（國民待遇或更為優惠的待遇），這將大大減少服務費用（其中包括停泊費、燈塔費、領航費等），并將促使船主為自己的船尋找更為方便的國籍旗，同時將增加海船注冊國的財政收入。例如，世界上影響最大的輕型船（主要是游艇）注冊國凱曼群島，1993年的財政收入中，28％來自船主的稅收。

　　就航空運輸而言，航空公司通常不會在國外注冊和從事離岸業務，因為航空公司要把安全問題和企業的聲譽放在首要地位。英國航空公司（British Airways）是世界上最大的航空公司之一，不享受任何稅收優惠。此外，有些國家的航空公司如法國航空公司（Air France）和德國漢莎航空公司（Lufthansa），都有國家參與的股份。然而，在很多情況下，外國航空公司要比本國航空公司能得到更多的優惠待遇。

　　至于飛機的地面技術服務，如果能在提供稅收優惠待遇的管轄區內進行，自然也是十分有利的。例如，有些航空公司把外國的服務基地（提供維修和機身的油漆）設置在屬于低稅區的愛爾蘭香濃機場。

　　幾乎所有的發達國家都反對把運輸公司設立在避稅地、反對將運輸公司的資金轉移到無稅管轄區居民公司的帳上。例如。美國法律規定，如果在美國的碼頭和機場起運或停降，該運輸公司所得的50％應向美國繳納所得稅，而不考慮公司的居住國地位。運輸公司員工的所得由其居住國征收個人所得稅。如果一個員工按合同在注冊于無稅管轄區的外國運輸公司工作，且一個年度內持續時間超過了183天，那么在避稅地方便旗下的工作能大大減輕他的所得稅負擔。在國外工作的海運公司和航空公司員工所得的稅收問題，可按有關國家間雙邊稅收協定的條款來解決。

　　國際稅收協定對外國運輸公司所得征稅的規定也并不一致。例如，中國對外稅收協定大體有五種處理辦法：（1）我國同美國和法國已有互免空運和海運企業稅收的協定或換文，所以在一般稅收協定中不再重列；（2）由設有實際管理機構的所在國擁有征稅權，如中英、中丹麥等稅收協定；（3）由作為居民企業的所在國擁有征稅權，如中日、中加等稅收協定；（4）由設有總機構的所在國擁有征稅權，如中比、中挪稅收協定等；（5）由設有總機構或實際管理機構的所在國擁有征稅權，如中芬稅收協定等。