安徽省基層醫改自2009年率先啟動，為全國醫改不斷探路。各級財政加大基層醫療衛生機構投入，建立健全工作機制，為基層衛生運行新機制順利運轉保駕護航。主要有以下做法：

　　一是強化資金保障。為保障新機制正常運轉，各地財政部門極調整財政支出結構，2010年至2012年，基層醫療衛生機構的投入總量達88億元，分年度為20.3億元、32億元和35.6億元，年均增長32.4%。

　　二是建立財政分級保障機制。對基層機構的經常性經費，通過統籌算賬、差額補助的方式由同級財政予以保障，省級財政則通過一般性轉移支付，均衡各地財力差異，切實提高各地縣級財政保障能力。同時，所有政府支出均納入預算管理，由縣級衛生、財政部門提前核定每個基層醫療衛生機構的公共衛生支出和基本支出，納入年度綜合預算，確保及時足額撥付。

　　三是穩步推進基層改革。各基層醫療衛生機構全面實施崗位績效工資制度，基層在崗醫務人員平均收入較改革前提高30%以上。實施省集中招標采購，基本藥物中標價較國家指導價下降 52.8%，省補充藥品價格平均下降53.2%，讓群眾得到實實在在的實惠。