海倫市著重推行資金籌集、信息反饋、患病補償、基金管理等四項機制，實現了新農合管理的科學化、規范化和精細化，切實發揮了新農合資金和基金的使用效益和效果。2010年，農村參合人數400618人，籌集合作醫療基金6009萬元。全年享受大病核銷補償的有34696人，平均每人享受核銷補償1682元，一次性核銷達萬元的有796人。門診統籌補償人數11434人，核銷補償資金159.4萬元，有效地減輕了農民的就醫負擔。

　　對于新型農村合作醫療基金的籌集，實行由農民個人籌資、政府財政籌資、幫助困難群體籌資三方籌資模式。農民個人籌資的標準是30元；本級財政通過調整和優化支出結構，按9元的承擔標準，安排資金360萬元；對于貧困戶、五保戶等參加新型農村合作醫療難度較大的困難群體，用農村醫療救助資金為其繳費，共為55523名貧困農民、五保戶、優撫對象繳納參合資金166.6萬元，使他們患病得到了有效醫治。

　　為使新型農村合作醫療工作達到規范化管理，這個市配置了31臺（套）信息網絡設備，又籌集資金31萬元，支持網絡組建，與哈爾濱聯德公司合作，市合作醫療管理辦公室成立合作醫療局域網，各定點醫療機構都已與市合作醫療管理辦公室聯網，使新型農村合作醫療工作實現了由傳統的、滯后的人工管理向科學化、標準化、自動化、系統化管理的轉變。

　　實行定點醫療機構補償墊付制，農民的醫療費用核銷經定點醫療機構專管員審核，由所在定點醫療機構先期墊付，然后由定點醫療機構將核銷單據呈報市醫療辦審核，經財政部門審批，將資金撥付到定點醫療機構。降低核銷起付線，提高補償水平。參合患者在市級定點醫療機構住院治療核銷起付線由原來的400元降到300元，參合患者在省級定點醫療機構住院治療核銷起付線由原來的600元降到500元；單病種限額核銷病種由原來的10種增加到15種；參合患者在市、鄉兩級定點醫療機構住院治療核銷比例普遍增加5個百分點。

　　重點細化新型農村合作醫療基金補償登記、基金使用公式、基金審計等三項制度。建立新型農村合作醫療基金補償登記簿，設置了補償對象、補償額度、定點醫療機構等多項登記內容，對每一筆補償資金進行及時登記，以便備考；對每筆核銷費用都到農民居住村、組進行張榜公布，并設立監督舉報電話。向社會公布合作醫療資金使用情況，由市審計局定期對新型農村合作醫療基金進行專項審計，確保了新型農村合作醫療基金專款專用。