一是建立財政綜合監督機制，發揮財政監督合力。一是制定了《伊犁州本級財政監督工作聯席會議制度》，與相關部門聯合下發了《關于建立紀檢監察、審計、財政監督工作計劃及檢查結果互相告知機制的通知》，在州直范圍內實現了信息資源共享，形成了監督合力，提升了行政執法效能；二是結合州本級財政監督工作實際，出臺《伊犁州級財政綜合監督檢查辦法》，建立了以財政各職能處室日常監督、專項監督為基礎、以財政監督局重點監督檢查和對財政各職能處室內部監督為主體的財政綜合監督格局。

　　二是建立完善財政內部監督機制，提高內部監督水平。在實施內部監督方面，注重將內部監督與服務財政改革、規范財政管理相結合，不斷調整財政內部監督檢查重點及范圍，從以收支檢查為重點逐步擴大到對內部職能部門政策執行、內控機制和履行職責等內部管理情況檢查以及預算編制、執行、審核等程序的執行情況檢查等多方面，及時發現和糾正財政管理和財政運行中存在的問題，提出整改意見，強化了財政內部權力制約，有效促進財政系統廉政建設工作。

　　三是建立完善監督質量考核機制，提高財政監督水平。檢查質量是財政監督工作的生命線。為提高監督質量，2005年伊犁州制定了《財政監督檢查工作質量考核評比辦法》，2006年及2007年又對《辦法》進行了補充完善。從2008年開始，監督質量考核全部列人州直財政工作目標考核單項獎，為做好財政監督工作奠定了基礎。

　　四是建立完善監督內部控制機制，強化監督工作質量。首先是建立財政監督檢查、復核、處理相對分開的內控機制。2009年財政監督局內設檢查科及審理科，在內部監督檢查、復核兩個環節上形成相互協調、相互制約、相互監督的工作機制。其次是建立完善的監督檢查處理機制。州本級通過定期召開財政監督審理會的方式，部分縣市成立以財政部門主要負責人為主的財政監督處理決策機構，定期對財政監督專職機構查出的違紀問題進行討論、定性，并做出對違紀單位和責任人的處理意見，有力地維護了財政監督檢查工作的嚴肅性。