南通經濟技術開發區積極發展新興產業，通過自主創新、高位嫁接、直接引進等途徑，形成了現代裝備制造業、新材料、新醫藥、新能源及精細化工、新型紡織面料等支柱產業，全區已有產值超億元企業89家，超10億元企業8家。目標要打造一批百億級大產業，將催生一批新材料、新能源、生物醫藥、環保、軟件和服務外包等新興產業。

　　在新材料產業方面，重點發展非金屬功能性材料、新型電子信息材料、新型合成纖維材料、新型包裝材料、醫用材料和膜技術材料。在新能源產業方面，推廣利用太陽能、風能等新能源，重點推進航天萬源安能訊項目建設，形成年產400臺1500KW風力發電機組的能力。在新醫藥產業方面，重點發展賴氨酸、核苷酸、飼料蛋白等生物工程項目，力爭在原料藥、新劑型、現代中藥（生物藥、動物藥）和制藥業外包方面取得突破。在電子信息產業方面，重點發展新型電子元器件、微電子、光通信、光電子產品，以及為IT產業配套具有較高技術含量的模具開發、電子材料產品。在機械設備制造業方面，重點發展船用機械、港口機械及其零部件加工生產企業，形成優勢產品群。在精細化學工業產業方面，重點突破和發展高效低毒新型農藥，新型合成材料和功能性高分子材料，造紙化學品和食品添加劑等精細與專用化學品。