瑪納斯縣在實施新型農牧區合作醫療制度以來，作為財政管理部門不斷加強了對合作醫療基金的籌集管理，確保了各級財政補助資金落實到位。在工作中，能嚴格執行合作醫療基金管理辦法和基金財務核算制度，實行收支兩條線管理。按照規定籌集、管理、使用合作醫療基金，做到合作醫療基金專戶儲存、專賬管理、專款專用、封閉運行，確保基金安全和公平、公正、合理、有效使用。

　　2010年度，瑪納斯縣參加新型農村合作醫療農牧民人數為83395人，參合率達103%。2010年1-6月合作醫療基金收入 1130.38萬元,其中：上級財政補助收入 646.68萬元,縣級財政補助收入233.51萬元，農民個人繳費250.19萬元。2010年1-6月合作醫療基金支出為 568.85萬元。