為深入貫徹落實黨的十七屆五中全會精神，根據《國民經濟和社會發展第十二個五年規劃綱要》和《全國農業和農村經濟發展第十二個五年規劃》精神，結合鄉鎮企業發展實際，農業部11月2日公布《全國鄉鎮企業發展“十二五”規劃》，明確“十二五”期間，要加大對鄉鎮企業的財稅政策扶持力度。

　　規劃指出，積極協調稅務部門，落實、出臺稅收優惠政策；鼓勵鄉鎮企業發展農產品加工，進一步擴大農產品初加工范圍，落實所得稅優惠；減輕稅賦，統一農產品加工增值稅進銷項稅率，將農產品精深加工增值稅進項稅率提高到17%；

　　鄉鎮企業所得稅優惠政策

　　在《企業所得稅暫行條例》時代，財政部于1994年曾經下發《關于企業所得稅若干優惠政策的通知》（財稅字[1994]1號），文件規定“鄉鎮企業可按應繳稅款減征10％，用于補助社會性開支的費用。不再執行稅前提取10％的辦法。”2008年實施的《企業所得稅法》及其實施細則取消了這一針對鄉鎮企業的優惠政策。

　　農產品初加工享受企業所得稅優惠

　　2008年開始執行的《企業所得稅法》規定“從事農、林、牧、漁業項目的所得”可“免征、減征企業所得稅”。《企業所得稅法實施細則》細化上述規定，對“農、林、牧、漁業項目”做了具體界定，將“灌溉、農產品初加工、獸醫、農技推廣、農機作業和維修等農、林、牧、漁服務業項目”列入享受企業所得稅稅收優惠的范圍。2008年財政部和國家稅務總局聯合下發《關于發布享受企業所得稅優惠政策的農產品初加工范圍（試行）的通知》（財稅[2008]149號），對農產品初加工范圍做出了明細界定。

　　農業深加工增值稅政策存在問題

　　目前，我國農產品深加工企業是比照一般企業的增值稅稅率17%執行，但是農產品深加工企業從農產品初加工企業購入原材料，可以抵扣的進項稅稅率是13%.這是因為政府對農產品初加工企業實行增值稅優惠政策，農產品初加工企業銷售貨物適用13%的優惠稅率。對于農產品深加工企業來說，由于取得的進項稅適用稅率是13%，而自己對外銷售貨物卻要按17%繳納增值稅，這4%的稅率差額就不得不由農產品深加工企業自己承擔，也就是說，深加工企業增值稅的實際稅率高于一般企業17%的稅率。

　　例如，某燒雞制作企業1只燒雞的對外銷售價格是40元，其從某農產品初加工企業購買一只白條雞（農產品初加工產品）作為原材料是25元，則：

　　某燒雞制作企業銷項稅=40元X17%=6.8元

　　某燒雞制作企業進項稅=25元X13%=3.25元

　　某燒雞制作企業應繳納增值稅=6.8-3.25=3.55元

　　如果，農產品深加工企業從農產品初加工企業購入原材料，可以抵扣的進項稅稅率是17%，則：

　　某燒雞制作企業銷項稅=40元X17%=6.8元

　　某燒雞制作企業進項稅=25元X17=425元

　　某燒雞制作企業應繳納增值稅=6.8-4.25=2.55元

　　相比之下，農產品深加工企業多繳納1元增值稅，如果這是一個年加工燒雞1000萬只的中等企業，一年就多繳稅1000萬元。

　　難以解決的問題是，如果農產品深加工企業采購原材料抵扣增值稅稅率是17%的話，那就意味著農產品初加工企業必須按17%繳納增值稅，這無疑增加了農產品初加工企業的稅負。

　　值得注意的是，據2011年7月的《上海證券報》報道，國家稅務總局近日下發的《關于部分行業試行農產品增值稅進項稅額核定扣除管理辦法的公告》（征求意見稿）中，國稅總局明確，將在液體乳及乳制品制造和食用植物油加工行業率先試點進項稅額核定扣除辦法，同時將農產品進項稅額扣除率由現行的13%修改為納稅人再銷售時貨物的適用稅率，即納稅人銷售的貨物適用13%稅率的，則扣除率為13%，納稅人銷售的貨物適用17%稅率的，則扣除率為17%，此舉將大大減輕農產品加工企業的增值稅負擔。

　　如果這一政策能夠執行，農產品初加工企業就可以按17%計算繳納增值稅了，那么農產品深加工企業就可以取得的17%的進項稅了。