任何改革都不是一帆風順的。農村稅費改革的巨大成果，得到了廣大農民群眾的熱烈擁護和支持，這是不言而喻的。然而，我們在充分肯定成績的同時，也必須看到稅費改革后存在的不容忽視的諸多問題。

　　鄉村債務化解難

　　由于地方經濟發展緩慢，財政困難，保穩定與謀發展矛盾突出，同時不少地方和相關部門債務風險意識淡薄，監督不到位，管理混亂，多年來，興修農田水利、村村通水泥路項目貸款、道路修建養護、農村教育、救濟等費用形成了巨額鄉村債務。

　　財力薄弱影響機構運轉

　　大部分鄉村集體財力微薄，鄉鎮只剩下為數極少的工商稅，取消了原先納入財政預算和財政財務開支的稅費項目，鄉鎮可用財力極少。縣對鄉鎮只能保人員工資發放，對村的轉移支付更少。尤其是邊遠貧困山區，行政成本高，工作條件差，工資補助沒保證，干部思想不穩定。

　　遺留問題難解決

　　稅費改革后，由于歷史欠賬較多，興辦集體公益事業有事難議、難做，稅費尾欠難解決，轉移支付資金分配使用及跟蹤監督不夠。

　　義務教育投入不足

　　農村學校實行了“一費制”，取消了教育集資，使得農村教育基礎性工作所需資金投入嚴重不足。

　　農墊稅包袱無力解決

　　稅費改革后，鄉村兩級墊付的農業稅數額巨大，無力解決。

　　不良資產難以盤活

　　應收未收款項由于逾期時間長，不良債權比較大，沒有得力辦法消赤減債，導致資產難以盤活，想辦的事沒法辦。