通知稱，企業采用報銷私家車燃油費等方式向職工發放交通補貼的行為，扣除一定標準的公務費用后，按照“工資、薪金”所得項目計征個人所得稅。公務費用扣除標準由當地政府制定，如當地政府未制定公務費用扣除標準，按交通補貼全額的30%作為個人收入扣繳個人所得稅。
通知還稱，企業向職工發放的通訊補貼，扣除一定標準的公務費用后，按照“工資、薪金”所得項目計征個人所得稅。公務費用扣除標準由當地政府制定，如當地政府未制定公務費用扣除標準，按通訊補貼全額的20%作為個人收入扣繳個人所得稅。
針對企業為員工支付各項免稅之外的保險金，通知指出，應在企業向保險公司繳付時并入員工當期的工資收入，按“工資、薪金所得”項目計征個人所得稅。企業年金的個人所得稅，應按企業統一計提年金時所用的具體標準乘以每人每月工資總額計算個人每月應得年金，扣繳個人所得稅。
通知還強調，企業為職工繳付的補充醫療保險應扣繳個人所得稅。如果企業委托保險公司單獨建賬，集中管理，未建立個人賬戶，應按企業統一計提時所用的具體標準乘以每人每月工資總額計算個人每月應得補充醫療保險，全額并入當月工資扣繳個人所得稅。
廣州市地稅局相關人士昨向記者表示，國家稅務總局近日發出的《關于2009年度稅收自查有關政策問題的函》，是稅務部門內部針對特定情況、特殊時期、特別問題予以專門明確的文件，有可能是因為部分稅收政策文件執行起來，基層稅務機關和企業產生了不同的理解和爭議而發。
廣州交通補貼一直納入“個稅”
據悉，2007年8月1日廣州市地稅局就下發了《關于個人通訊補貼收入征收個人所得稅問題的通知》(穗地稅發[2007]201號)”。通知中明確，個人因通訊制度改革而取得的通訊補貼收入，扣除一定標準的公務費用后，按照‘工資、薪金’所得項目計征個人所得稅。按月發放的，并入當月‘工資、薪金’所得計征個人所得稅；不按月發放的，分解到所屬月份并與該月份‘工資、薪金’所得合并后計征個人所得稅”。另據透露，廣州稅務部門對個人獲得的由單位發放的交通補貼，一直是按照并入當月“工資、薪金”所得來計征個人所得稅。
交通補貼納入個稅計征會不會執行難？有業內專家指出，企業對員工發放的現金到底是交通補貼，概念上很難明確；或者巧立各種名目，將交通補貼無形消化？廣州市地稅局相關人士表示，執行起來難度不大，不管是將交通補貼列為“加班費補貼”還是別的名目，計征時總之按 照“總工資收入”這一項進行，如果是故意偷稅漏稅，將按照漏稅金額的50%至3倍重罰。
記者還了解到，目前廣州并未進行公務用車制度改革，故并未執行《國家稅務總局關于個人因公務用車制度改革取得補貼收入征收個人所得稅問題的通知》，而是按照個人所得稅法的有關規定，對個人從單位獲得的交通補貼，均并入當月“工資、薪金”所得計征個稅。
