從2008年下半年開始的國家稅務總局機構改革工作已經完成。這次機構改革堅持以科學發展觀為統領，通過結構調整來優化組織結構，促進機關職能向服務型、責任型、法治型、廉潔型轉變，管理機制向科學化、專業化、精細化轉變，逐步建立既能體現國際先進管理理念，又符合我國國情的稅務機關內設機構。

　　據悉，這次總局機構改革新組建的司是：貨物和勞務司是總局主管增值稅、消費稅、營業稅、車船購置稅、進出口稅收和文化事業建設等政策和征收管理的職能部門；納稅服務司是總局主管納稅服務工作的綜合職能部門；征管和科技發展司是總局主管稅收征收管理和稅收管理信息化建設的綜合職能部門；大企業稅收管理司是總局主管大企業司稅收管理和服務的職能部門；督察內審司是總局主管稅收執法監督檢查、內部財務審計和領導干部經濟責任審計的職能部門。這次改革還將所得稅管理司更名為所得稅司，地方稅務司更名為財產與行為稅司，計劃統計司更名為收入規劃核算司。

　　改革后，總局機關內設機構有：辦公廳、政策法規司、貨物和勞務稅司、所得稅司、財產和行為稅司、國際稅務司、收入規劃核算司、納稅服務司、征管和科技發展司、大企業稅收管理司、稽查局、財務管理司、督察內審司、人事司以及機關黨委和離退休干部辦公室，總局機關人員編制不變。

　　另據了解，國家稅務局系統省局、副省級市局機構改革將于2009年1月20日前結束，市局、縣局機構改革于4月30日前結束。

　　總局機構改革后，原由總局注稅管理中心負責的稅務師事務所審批工作，總局決定下放至省級稅務機關辦理。