按照“高效便捷、區內自由、卡口管理”的設計理念，天津海關制定了東疆保稅港區海關監管模式創新方案。即通關集約化——對保稅港區進出貨物實施各項便捷通關措施；管理信息化——依托電子信息平臺，實現海關與企業及相關管理部門信息共享，實現聯網管理；區內便利化——區內貨物可以自由流轉，免予繳納關稅及其他稅費；作業無紙化——海關對保稅港區與境外之間進出的貨物監管最大限度取消紙質單據，實現電子管理；卡口智能化——通過集裝箱箱號自動識別系統、車輛自動識別系統等實現對進出卡口貨物的自動驗放。單票貨物通過卡口的時間最快可在十幾秒鐘內完成。

　　天津東疆保稅港區是集港口、保稅區、出口加工區、保稅物流園區等優勢于一體，享受國家經濟貿易優惠政策的海關特殊監管區域。保稅港區與傳統海關特殊監管區域相比，增加了港口作業功能，實現了真正意義上的區港聯動，保稅港區還整合了保稅區、保稅物流園區、出口加工區等海關特殊監管區域的各種功能和享受稅收、監管、外匯等各項優惠政策。包括國外貨物入港區保稅；國內貨物入港區視同出口，實行退稅；港區內企業之間的貨物交易不征增值稅和消費稅等等，是目前我國內地對外開放層次最高、政策最優惠、功能最齊全、區位優勢最明顯的特殊功能區。

　　國務院批復明確指出，東疆保稅港區在享受和上海洋山保稅港區同樣的優惠政策基礎之上，可根據全國綜合配套改革試驗區建設的相關要求在機制、體制創新等方面先行試驗一些重大的改革開放措施。天津海關將按照國務院批復要求，積極探索特殊監管區域管理制度創新，以點帶面，推進海關特殊監管區域整合和政策疊加工作。根據東疆港區的功能定位，針對不同區域的貨物采取卡口分道、貨物分流、區域分設、程序分列的“四分”管理方法，實行“一線放開、二線管住、區內自由、入區退稅”的封閉化、信息化、集約化的監管模式，即采取全域封閉化管理，由海關依法對進出保稅港區的貨物、物品、運輸工具和保稅港區內的相關場所實行全面監管。