針對《國家稅務總局關于出口貨物退（免）稅實行有關單證備案管理制度（暫行）的通知》（國稅發〔2005〕199號）下發后各地反映的一些問題，國家稅務總局日前下發《關于出口貨物退（免）稅實行有關單證備案管理制度的補充通知》（國稅函[2006]904號）指出，對于外商投資企業采購國產設備退稅、中標機電產品退稅、出口加工區水電氣退稅等沒有貨物出口的特殊退稅政策業務，暫不實行備案單證管理制度。
《補充通知》明確，國稅發〔2005〕199號第一條所列應當備案的單證，主要是按《合同法》要求或出口貿易行業主管部門規定的單證。考慮到有些企業備案單證名稱等可能與《通知》規定的不盡一致，因此《通知》附件《出口貨物退（免）稅有關單證備案說明》描述了有關備案單證的含義、功能、作用等，各地可按此原則進行備案單證管理。對于出口企業如確實無法提供與《通知》規定一致備案單證的，可以提供具有相似內容或作用的單證作為備案單證，但出口企業在進行首次單證備案前，應向主管稅務機關提出書面理由并提供有關單證的樣式。各省、自治區、直轄市和計劃單列市國家稅務局也可根據本地區出口企業實際情況，按照《通知》的原則制定備案單證管理的具體規定。
國稅發〔2005〕199號附件《出口貨物退（免）稅有關單證備案說明》中對“出口貨物裝貨單”的解釋要求有海關簽章。但考慮到出口企業難以取得簽章的“出口貨物裝貨單”，在實際工作中只要出口企業備案的“出口貨物裝貨單”是《通知》規定的含義，可不需要海關簽章。
此外，對于出口企業備案的單證是電子數據或無紙化的，可以采取以下兩種方式其中之一進行備案：
（一）對于出口企業沒有簽訂書面購銷合同，而訂立的是電子合同、口頭合同等無紙化合同，凡符合我國《合同法》規定的，出口企業將電子合同打印、口頭合同由出口企業經辦人書面記錄口頭合同內容并簽字聲明記錄內容與事實相符，加蓋企業公章后備案。
對于其他單證的備案，如為國家有關行政部門采取了無紙化管理辦法使出口企業無法取得紙質單證或企業自制電子單證等情況，出口企業可采取將有關電子數據打印成紙質單證加蓋企業公章并簽字聲明打印單證與原電子數據一致的方式予以備案。
（二）除口頭合同外，對于出口企業訂立的電子購銷合同、國家有關行政部門采取無紙化管理的單證以及企業自制電子單證等，出口企業可提出書面申請并經主管稅務機關批準后，可以采用電子單證備案管理，即以電子數據的方式備案有關單證。出口企業應保證電子單證備案的真實性，定期將有關電子數據進行備份，在稅務機關按規定調取備案單證時，應按稅務機關要求如實提供電子數據或將電子數據打印并加蓋企業公章的紙制單證。
相關法規鏈接：關于出口貨物退（免）稅實行有關單證備案管理制度的補充通知（國稅函[2006]904號）
