有意逃避的營業稅
營業稅是高校稅收中問題比較集中的一個稅種。檢查發現主要有兩種表現形式，一是對各類技術轉讓收入既不申報繳納營業稅，也不辦理減免手續。某著名大學共取得技術轉讓費11000萬元，本應繳納營業稅550萬元，但該校既沒有納稅又未辦理減免手續，結果受到嚴肅處理。存有同樣問題的，本次檢查發現有22所，尤其以理工科院校和綜合性大學居多。二是在非學歷教育收入上，有意混淆與學歷教育的關系，對非學歷教育收入只開收據不開發票，不進行申報，此類占本次調查的71％。某學院2002年度取得非學歷培訓收入227萬多元，因未開具發票，少繳了營業稅11．3萬元。稅務機關查獲后，不僅予以追繳，還處以5．65萬元的罰款和加收滯納金。南京市稅務部門指出，學校的教育勞務要免征營業稅，必須符合有關條件，如果各類培訓沒有資格向學員頒發國家承認的學歷證書，就必須到稅務機關申報繳納營業稅。
漏網的個人所得稅
校園津貼、課時費、超課時津貼、班主任津貼、目標獎、課題費、科研費……如今，要說清楚高校教師的收入門類和狀況，實在不是件容易的事了。也正因為這名目繁多的收入構成，為那些逃漏個人所得稅的學校找到了一個理由。檢查發現，80％以上院校由于少計算了計稅收入，使得教師的部分收入成為計稅收入的漏網之魚，最終導致個人所得稅代扣代繳不足，僅此一項，累計涉稅金額200余萬元。
如今，教師“走穴”現象也越來越普遍，他們除在本校有固定收入外，還在本校的繼續教育學院或者到外校兼職上課，這些收入因為屬于額外之財，故而大都未合并繳納個人所得稅。
陌生的土地使用稅
一些學校為逃避營業稅，在將其門面房出租取得租金收入后，只開具收據而不開發票，這是本次檢查發現的一個共同現象。但與這種逃避房產稅相比，更多的則是漏交土地使用稅。某所地處鬧市區的高校，在校園內外分別有房屋出租，但都沒有交納土地稅。結果被稅務部門處以補稅、罰款、加收滯納金共計2萬多元。據介紹，本次檢查中約有80％的納稅人不知道交納土地稅。南京地稅局有關人士指出，國家規定，包括大中專院校、中小學校及各類職業學校在內的學校用于教學及科研等的土地，可以免征土地使用稅，但如果是將房屋對外出租的，就必須按出租房屋占地面積與房屋所在土地等級進行納稅。
