新的《稅務登記管理辦法》主要增加了七項內容：
采取“分散受理、集中處理”的辦理方式。針對城市中容易發生的爭搶稅源情況，對城市的稅務登記辦理方式進行了原則規定，提出有條件的城市，稅務登記可以按“各區分散受理、全市集中處理”的原則辦理。該項規定不僅有助于消除城市各區間的稅收競爭，還將方便納稅人就近申報登記。
納稅人登記代碼只有一個。新辦法第一次以規章的形式確立了稅務登記的編碼原則，要求國、地稅執行統一稅務登記代碼，并分別就已領取組織機構代碼的納稅人、個體工商戶和從事生產、經營的外籍和港澳臺人員確立了具體的編碼方案。
增加了臨時稅務登記。新辦法取消了注冊稅務登記，將稅務登記的種類統一為稅務登記和臨時稅務登記。后者主要適用于一些具有臨時性、流動性特點的納稅人，如：領取臨時工商營業執照的納稅人，外出經營超過180天的納稅人，有獨立的生產經營權、在財務上獨立核算并定期向發包人或者出租人上交承包費或租金的承包承租人等。
縮減了要求納稅人提供稅務登記證件的稅務事項。新辦法規定，納稅人只有在開立銀行賬戶和領購發票時才必須提供稅務登記證件，而在辦理其他稅務事項時只需出示稅務登記證件即可。
提供了解決稅務機關之間對納稅人稅務登記的主管稅務機關、登記地點發生爭議的途徑。新辦法在規定國、地稅原則上分別登記、屬地管理的基礎上，明確國、地稅之間對納稅人稅務登記的主管稅務機關發生的爭議，由其上一級機關共同協商解決。而國家稅務機關內部或地方稅務機關內部對納稅人登記地點發生爭議的，由其上級機關指定管轄。
增加了對稅務人員濫用職權或行政不作為行為的處罰。
增加了對納稅人騙取稅務登記證行為的處罰。
與舊辦法相比，新的《稅務登記管理辦法》在稅務登記的對象、地點、程序、證件的管理方面作了較大修改。
稅務登記對象排除了國家機關、個人和無固定生產、經營場所的流動性農村小商販，除此以外，稅務登記對象有兩類：一是從事生產經營的納稅人，包括：企業，企業在外地設立的分支機構和從事生產、經營的場所，個體工商戶以及從事生產經營的事業單位；二是其他發生納稅義務的各類組織和單位。
關于納稅人的稅務登記地點，舊辦法規定是納稅人所在地，新《稅務登記管理辦法》進一步重申明確為：生產、經營地或納稅義務發生地，將“注冊地”排除在外。過去，納稅人往往選擇非實際生產、經營地但有區域性稅收優惠的地區申請注冊，騙取稅收優惠。新辦法的實施，將有效地杜絕此類問題的產生。
新《稅務登記管理辦法》將登記程序由原來的“先檢查后登記”改為“先登記后檢查”，只要納稅人在規定的時間內提交的證件和資料齊全、且稅務登記表的填寫內容符合規定，稅務機關都應及時發放稅務登記證件，然后再調查核實納稅人的稅務登記內容。
國、地稅兩家對同一納稅人辦理同一份稅務登記，是納稅人的現實期望。新辦法對聯合辦證作出規定，明確規定在有條件的省、市，國、地稅可以聯合登記，對同一納稅人核發同一份加蓋國、地稅雙方印章的稅務登記證。
新《稅務登記管理辦法》修改了舊辦法中關于非正常戶的認定內容。一是明確了認定非正常戶的條件：未按期申報；稅務機關責令其限期改正后，逾期不改；稅務機關派員實地檢查，查無下落并且無法強制其履行納稅義務。二是取消了舊辦法關于“無正當理由連續3個月未向稅務機關進行納稅申報”的時限要求，事實上是將納稅人未按期申報的次數由連續三次改為一次。三是進一步明確了稅務人員在非正常戶認定中的責任，規定檢查人員必須制作非正常戶認定書。另外，新的《稅務登記管理辦法》規定，非正常戶登記證件失效的時限由納稅人被列為非正常戶超過1年改為3個月。
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