根據《國家稅務總局關于加強新辦商貿增值稅征收管理有關問題的緊急通知》文件規定，該局加強了對新辦商貿企業增值稅一般納稅人的認定管理，并對已認定為增值稅一般納稅人的小型商貿企業進行了一次全面檢查。截止2004年9月末，該局商貿企業增值稅一般納稅人有1687戶（其中2003年以后新成立的商貿企業增值稅一般納稅人有639戶）。該局對小型商貿企業，尤其是2003年以后新成立的商貿企業銷售額較大稅負很低或零收入且購買了發票的一般納稅人進行了重點檢查。對26戶不符合增值稅一般納稅人標準的小型商貿企業，取消了其增值稅一般納稅人資格，并按規定對其存貨進行清理補稅。

    在檢查中發現的問題：一是會計制度不健全，取消增值稅一般納稅人資格的有8戶企業；二是無固定經營場所，取消增值稅一般納稅人資格的有6戶企業；三是企業無法聯系，形成在逃，已列為非常戶，取消增值稅一般納稅人資格有12戶企業。其中2戶企業因涉嫌虛開增值稅專用發票已被公安機關立案偵察；對2戶企業因收入未及時入帳和固定資產抵扣進項進行了補稅處理，補征增值稅1.5萬元，現已入庫；對1戶企業，因發現2003年度涉嫌取得虛開增值稅專用發票進行抵扣，立案檢查。

    針對發現的問題，該局建議應加強小型商貿企業一般納稅人管理。一是加大稅法的宣傳力度。尤其是加大對小型商貿企業法人和會計人員的稅法宣傳力度，定期召開稅法宣傳會；二是嚴把認定關。嚴格按照文件規定，對新辦商貿企業申請一般納稅人進行審核認定；三是控制專用發票領購數量。制定小型商貿企業增值稅專用發票領購辦法，對領購次數多，銷售額較大，稅負較低的企業，及時到企業進行調查；四是加強小型商貿企業納稅評估工作。對小型商貿企業月銷售額在50萬元以上，且稅負低于平均稅負的，以及往來帳戶數額較大的，按月進行納稅評估；五是完善審驗辦法。對小型商貿企業建立定期的審驗辦法，定期對小型商貿企業進行審驗；六是加強協稅護稅網絡建設。盡快建立起由稅務、工商、公安、街道政府組成協稅護稅網絡，充分發揮協稅護稅網絡作用，減少虛開專用發票和在逃戶的發生。