綜合所得應納稅額的計算公式與個人所得稅的計算公式有以下不同之處：
1. 稅率不同：個人所得稅的稅率是分檔計算的，而綜合所得應納稅額的稅率是按照一定比例計算的。
2. 扣除項不同：個人所得稅的計算公式中有一些扣除項，如子女教育、住房貸款利息等，而綜合所得應納稅額的計算公式中沒有這些扣除項。
3. 納稅人不同：個人所得稅是針對個人征收的，而綜合所得應納稅額是針對企業、機構、組織等單位征收的。
4. 計算方式不同：個人所得稅的計算方式是先計算應納稅所得額，再根據稅率計算稅額，最后扣除速算扣除數得出應繳稅款；而綜合所得應納稅額的計算方式是先計算綜合所得應納稅額，再根據稅率計算稅額，最后扣除已繳稅款、減免稅款等得出應繳稅款。