在計算印花稅時，如果交易中含有增值稅，需要將增值稅部分從交易總額中減去，然后再按照印花稅稅率計算印花稅。具體的計算公式如下：

印花稅 =（交易總額 - 增值稅部分）× 印花稅稅率

其中，交易總額為含有增值稅的交易總額，增值稅部分為交易總額中的增值稅部分，印花稅稅率為根據交易類型和金額確定的印花稅稅率。

例如，某筆交易的總額為10000元，其中含有1000元的增值稅，印花稅稅率為0.1%。那么，計算印花稅的公式為：

印花稅 =（10000元 - 1000元）× 0.1% = 9元

因此，這筆交易的印花稅為9元。