第三方支付清結算流程中，為保證資金的安全性和可追溯性，一般采取以下措施：
1. 風險控制機制：第三方支付機構建立完善的風險控制機制，包括風險評估、風險監控、風險預警等，及時發現并處理風險事件。
2. 資金監管：第三方支付機構必須符合相關法律法規的監管要求，接受中央銀行、銀監會等監管機構的監管。同時，第三方支付機構要將用戶的資金存放在專門的資金賬戶中，確保用戶資金與機構自有資金分開管理。
3. 交易記錄保存：第三方支付機構要保存用戶的交易記錄，包括交易時間、金額、雙方賬戶等信息，以便日后查詢和追溯。
4. 安全技術措施：第三方支付機構要采取多重安全技術措施，包括加密技術、防火墻、安全認證等，保證用戶數據和資金的安全性。
5. 客戶服務：第三方支付機構要建立完善的客戶服務體系，及時解決用戶的問題和投訴，保障用戶的權益。

綜上所述，第三方支付機構要通過多種措施保證資金的安全性和可追溯性，提升用戶信任度，促進支付行業的健康發展。