小規模納稅人增值稅的計算方式與一般納稅人有以下不同：
1. 稅率不同：小規模納稅人的增值稅稅率為3%，而一般納稅人的增值稅稅率為13%或17%。
2. 納稅周期不同：小規模納稅人可以選擇月度或季度納稅，而一般納稅人必須按月納稅。
3. 抵扣范圍不同：小規模納稅人只能抵扣進項稅額和固定資產進項稅額，不能抵扣其他費用的進項稅額；而一般納稅人可以抵扣全部進項稅額。
4. 簡易計稅方法：小規模納稅人可以選擇簡易計稅方法，按照銷售額的一定比例計算應納稅額，不需要分別計算銷售額和購買額，簡化了納稅程序。

需要注意的是，小規模納稅人和一般納稅人的認定標準是不同的，具體標準可以參考當地稅務局的規定。