當單位結算賬戶撤銷后，賬戶余額應當按照以下程序處理：
1. 首先，應當核對賬戶余額是否正確，確認賬戶余額無誤后，將余額轉入單位的其他賬戶或者按照單位的要求進行退款。
2. 如果賬戶余額不正確，應當及時調查原因，并進行調整，確保賬戶余額正確。
3. 如果賬戶余額不足以支付所有債務，應當按照優先順序進行清償，保障債權人的利益。
4. 如果賬戶余額超過了所有債務的金額，剩余部分應當按照單位的要求進行處理，可以轉入其他賬戶，也可以要求退款。

需要注意的是，單位結算賬戶撤銷后，應當及時通知有關方面，包括銀行、財務部門、稅務部門等，確保賬戶余額得到妥善處理，避免給單位帶來不必要的損失。