醫療期內是否扣工資，要根據具體情況而定。根據《勞動法》規定，員工因病需要請假治療的，用人單位應當按照下列規定支付工資：
1. 對于工傷或者因工作原因患職業病的，用人單位應當按照國家規定支付工傷保險待遇；
2. 對于非因工傷或者非因工作原因患病的，用人單位應當按照下列規定支付工資：
（1）醫療期內，用人單位應當按照本人工資的百分之八十支付工資；
（2）醫療期滿，本人仍然不能工作的，用人單位應當按照本人工資的百分之八十支付工資，直至其能夠工作為止。

因此，如果員工請假治療是因為非工傷或者非因工作原因患病，用人單位應當按照員工工資的80%支付工資。如果員工請假治療是因為工傷或者因工作原因患職業病，用人單位則應當按照國家規定支付工傷保險待遇。