自行研發的無形資產的計稅基礎應該按照《企業會計準則》的規定計算。具體來說，計稅基礎應該包括以下幾個方面：
1. 直接費用：指直接與自行研發無形資產相關的支出，如研發人員的工資、材料費、測試費等。
2. 間接費用：指與自行研發無形資產相關的間接支出，如管理費用、銷售費用等。
3. 資本化利息：指為自行研發無形資產而發生的借款利息支出，應該在資本化時計入計稅基礎中。
4. 其他費用：指與自行研發無形資產相關的其他支出，如專利申請費、法律費用等。

需要注意的是，計稅基礎應該在無形資產研發完成后進行計算，并且應該根據實際情況進行合理的分攤。同時，計稅基礎應該在資產減值測試時進行重新評估。