最惠國待遇關稅和普通關稅的主要區別在于適用對象和稅率。

最惠國待遇關稅是指一個國家或地區對所有世界貿易伙伴征收的最低關稅稅率，即一個國家或地區對某一貿易伙伴征收的關稅不得高于其對其他貿易伙伴征收的最低關稅稅率。

普通關稅則是指一個國家或地區對某一貿易伙伴征收的正常關稅稅率，即針對某一特定商品或服務的稅率。

因此，最惠國待遇關稅適用于所有貿易伙伴，而普通關稅則只適用于特定的貿易伙伴和特定的商品或服務。此外，最惠國待遇關稅稅率通常較低，而普通關稅稅率則根據商品或服務的不同而有所不同。